蓝藻的危害
蓝藻可以改变膨压，在强光照的天气，它会聚集在水体表层吸收大部分阳光，大量繁殖并抑制其它藻类生长。
同时，在繁殖过程中，蓝藻会不断地向水体分泌有毒代谢物质，影响浮游生物的种群演替、繁殖周期，还会引起一些浮游动物的大量死亡。
蓝藻颗粒很难被鱼、虾类消化。蓝藻通过种间竞争大量繁殖，逐渐成为绝对优势种群，但随后而来的种内斗争又会使其自身大面积死亡，导致水体生产力锐减，溶氧供应严重不足。
同时，蓝藻死亡分解也会消耗大量的溶氧，释放大量羟胺、硫化氢等有毒物质。在严重缺氧和有毒物质存在的条件下，鱼虾生存困难，大量死亡。
如何降低甚至消灭蓝藻的危害？
1、生物方法
（1）放养一定数量的滤食性鱼类。
虽然蓝藻不易被消化，但由于其颗粒较大，更容易被滤食性鱼类摄食到体内，因此放养一定数量的滤食性鱼类有助于延缓、阻碍蓝藻的生长。可供选择的鱼类有白鲢、花鲢、白鲫等。实践表明，尾重200g以上的白鲢对蓝藻具有明显的抑制作用，当白鲢总量达到100Kg/亩时，蓝藻基本不会爆发。
（2）经常性的使用高质量微生态制剂。
首先使用芽孢杆菌，乳酸菌等降解池塘水体过多有机质，这些微生态制剂和蓝藻竞争生态空间，可以稳定水体，促进绿藻等有益藻类生长。
芽孢杆菌的作用已被公认。但是，我们在使用时经常发现不同的产品会有不同的效果。有的产品用量少效果好，有的即使大量使用也不见效。为什么呢？因为微生物制剂核心技术在于菌种的好坏和菌种的数量。很多养殖户误认为重量多数量就多。其实并非如此，先进的发酵技术和制剂技术可以使每克产品中的菌总数量达到500亿以上。一般的小厂家受制于技术和设备的制约很难达到。同时菌种的好坏更是决定了产品的使用效果。芽孢杆菌是带有孢子的杆菌总称，芽孢杆菌的种类多达上百种。有的适合人类肠道，有的适合水质改良，有的适合垃圾处理。也就是说并不是所有的芽孢杆菌都适合水产养殖。因此，建议大家在选择产品的时候选择高含量的产品，因为只有大厂家才能做出高含量的产品，同时他们也会在菌种库当中选择适合水产养殖的菌种进行生产。
（3）引进优良藻类抑制蓝藻生长。
小球藻是优良藻种，在补藻过程中最常见也是最有效的产品。但是很多养殖户购买了小球藻后在使用中的效果很难达到预期。那是为什么呢？其实，大家在一般途径购买的小球藻活藻种的数量非常少。适合小球藻生长的温度为 20～30℃，在此温度下，小球藻会快速繁殖增长死亡。整个生命周期在12天左右。因此在常温下，小球藻生命周期较短。从生产厂家到经销商再到养殖户手中整个过程需要经历较长的时间。目前最新的技术是将小球藻进行超级浓缩，然后在4摄氏度冷藏保存，运输过程中冷链运输。这样，养殖户收到冷链运抵的超浓缩小球藻后，及时放入冰箱保存，使用的时候直接稀释即可，既方便又能保证效果。
2、工程除藻
（1）引水换水
对于含有较多蓝藻的池塘，经常、大量地换新鲜水，可稀释蓝藻的浓度，同时也可稀释蓝藻分泌的藻蓝素等有毒物质的浓度，促进其它藻类的生长，保持整个生态系统的动态平衡。可以使水体富营养化关键性水质指标总磷和有机物污染指标、高锰酸盐指数浓度等有所下降。
（2）围隔拦截
只能限制蓝藻繁殖面积扩大，达不到治理蓝藻的效果。
直接物理除藻
(1)人工打捞
人工打捞收获藻类是控制蓝藻总量最直接的方式，能有效减轻局部水华灾害，在收获藻类的同时起到输出营养物的作用，减轻藻体死亡分解引起的藻毒素污染。人工打捞收集手段落后，时间有限，导致效率低、费用高。
(2)其他方法
例如用活性炭吸附，对藻类、藻毒素的去除效果很好，但水中的有机物会影响活性炭的吸附活性，在大面积范围内使用很难回收再生，处理成本就很高。
(3)彻底清塘消毒、加注不带蓝藻的新鲜水
由于蓝藻比其它藻类更具竞争力，因此控制措施以预防为主、防重于治。彻底清塘消毒可有效杀灭蓝藻，降低藻种数量，避免大规模爆发。避免随加水带入蓝藻，对控制也有积极意义。
4、化学方法
选择性施肥
低氮磷比，有利于蓝藻进行固氮作用，高氮磷比则有利于绿藻繁殖。国外一些学者认为，氮磷比接近或等于16:1时，能有效控制固氮蓝藻的爆发。同时，我们的技术服务人员也在工作实践中发现，在杀完蓝藻后，少量多次的补充磷肥也可减少蓝藻爆发。