总集数75集，每集时长45分钟的《九州海上牧云记》落下帷幕，然而从大结局来看，留下如此多的悬念未解，这意味着一切并不是结束，而是刚刚开始？
硕风和叶
剧情简介： “讲述了九州大陆正值端朝末年，人类皇族牧云家的六皇子牧云笙、大将军之子穆如寒江、瀚州八部落的后人硕风和叶之间家国情仇、争夺天下的传奇故事。”剧中大结局只发展到了端朝末年的衰落，而预言所说的星命也只是初现端倪，牧云笙、穆如寒江和硕风和叶三人争夺天下的故事并没有发生。
牧云笙成为了端朝的皇帝，但是为了找到盼兮，他随龙锦焕一同远离了天启。虽然荒神的封印解除，但是帝王之剑并没有拿起。以邺王为代表的各路王侯以“勤王”名义进军天启，虞心忌闭城死守，只待牧云寒得胜归来，局面已是岌岌可危。牧云笙临走时还带走了半块玉玺，另一半不知下落，最终牧云笙的结果会是什么呢？
牧云笙、龙锦焕
硕风和叶送信回去时被穆如铁骑发现，摔下山崖逃过一劫，等他回到营地时，才发现所有人都被穆如和牧云的铁骑杀光，留下的只是空荡的部落和一股透着荒凉的气息。
离开部落后，硕风和叶被驰狼首领救回了黑森林，他见到了受伤的赫兰铁猿兄妹和硕风苏赫，驰狼首领告诉了他要救他的是“那个人”，此后硕风和叶何去何从尚未可知，这个所谓的“那个人”也一直是本剧中的一个谜，他最后现身是在牧云寒的军营里。
“那个人”
“那个人”现身选中了被俘虏的速沁紫炎和她的孩子，他要让速沁紫炎为他保守一个秘密：“荒神的灵，正在从中州醒来，那个看起来软弱的皇族男人，将毁灭墟神创造出来的大地万物，荡尽生灵，让世界复归于无！”而改变的关键则在于藏在瀚州的墟神之心。
就这样，速沁紫炎变成了红衣女巫，后续会发生什么，也无从知道。
速沁紫炎
穆如阖族男子受罚，穆如寒江忍痛别离苏语凝，跟着穆如槊来到了苦寒的殇州。
殇州冰原
穆如氏只有在殇州冰原上重新建立起一座人族的城池后，穆如一族才能得以免罪，而后便能重回中州。穆如寒江看着现在的穆如族人，昔日累累功勋落得如此下场，虽说穆如姓氏没有给他带来荣耀，但这一切多是因他而起，心中难受交集。他就此立誓，定要拿回穆如失去的一切！
穆如寒山
在结尾的末端，出现了巨力单纯、性情狂暴的夸父，结合之前看到的瀚州八部，如此也算是让观众从视觉上认识了一个大概。
夸父
《九州海上牧云记》就这么结束了，不过结局的多处悬念表明。荒神和墟神的决斗没有出现，化生女巫的速沁紫炎去了哪里？牧云笙是否找到了盼兮？穆如寒江在殇州会面临怎样的情况？他如何回到天启？硕风和叶怎么东山再起？……由此可见，结束可能只是新的开始，那么，会拍出第二部吗？你对第二部有什么希望呢？