00-1010作者：pldyx，中国科学院天津工业生物技术研究所
Canoco是生态学和几个相关领域中使用排序方法进行多元统计分析最常用的软件包。卡诺科常用的1998年版和2002年版(4.0和4.5)的文章在过去20年中被引用了11469次，历史上的主要版本(前10篇)被引用了21700次。
Cano5是Canoco软件的全新且几乎完全重构的版本，于2012年10月发布。Cano5在Cano4.5的基础上进行了很多改进，增加了一些新的分析方法(比如PCNM)，完善了绘图功能。
以土壤理化因子和微生物种类数据为例，简要说明了DCA的绘制过程。由于缺乏了解，我们希望你能对缺点和错误给我们更多有价值的意见。
软件测试版的安装包、安装说明、测试数据通过后台回复“canoco5”获得。
00-1010物种数据(Phylum.xlsx)，门级(任何级别的读者都可以自行选择和准备)，MT治疗组3个重复，HY治疗组3个重复。
环境数据(SP.xlsx)、物理和化学因素、3次重复的MT处理和3次重复的HY处理。
点击“文件”，选择“导入项目”-“从excel .”，弹出对话框。单击“添加文件.”选择物种数据(门. xlsx)和环境数据(SP.xlsx)。
点击“下一步”，将出现一个新的对话框。将“选定的研讨会将定义…项目表”中的数字更改为2。
点击“下一步”，将出现一个新的对话框，在“选择有数据的表”中选择物种数据，在“表名”中输入名称(微生物)。
单击“下一步”，将出现一个带有默认选项的新对话框。
单击“下一步”打开一个新对话框，在“选择带有数据的工作表”中选择环境数据，并在“表名”中输入名称(环境)。
单击“下一步”，将出现一个带有默认选项的新对话框。
点击“完成”，将出现一个新的对话框，选择第三项“物种的约束排序，环境变量的选择”。
点击“是”，会出现一个新的对话框，默认选项
点击“下一步”，会出现一个新的对话框，默认选项
点击“下一步”，会出现一个新的对话框，默认选项
点击“下一步”，会出现一个新的对话框，默认选项
om/origin/pgc-image/SgObP0kGW6cARs?from=pc">点击“Finish”，出现新的对话框
点击“Yes”，出现新的对话框
点击“Yes”，出现新的对话框，连续点击“Include”按扭，直到出现“No more variable to improve the fit!”对话框。
点击“OK”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Finish”，等待几分钟后，出现结果，如下，方法为PCA，调整后的解释度为0.0%
可以点击窗口中央的“Details”查看详细信息，可以点击左侧“Copy”复制结果。
即Forward Selection Results下面窗口中显示的结果，复制内容如下，如粘贴到其它文本编辑器内
Analysis 'Interactive-forward-selection', step 'Forward Selection'Forward Selection Results:Name Explains % Contribution % pseudo-F P P(adj)TN 55.7 55.7 5.0 0.004 0.014Salt 21.5 21.5 2.8 0.146 0.511TOC 16.9 16.9 5.7 0.074 0.259pH 3.9 3.9 2.0 0.298 0.4592SK 2.0 2.0 <0.1 1. 1.根据前向选择的结果重分析
点击左下角的“New…”，出现对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，选择“Constrained (species ~ environmental variables)”
点击“Finish”，出现新的对话框，默认选项(此页可能没有，不用在意)
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项(此页可能没有，不用在意)
点击“Next”，出现新的对话框，根据前向选择的结果，去除环境因子，这里我们去除SN和SP，即之前分析结果中没有显示在表格中的环境因子。
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，选择“Summarize effects of expl.variables”
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Yes”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Next”，出现新的对话框，默认选项
点击“Finish”，等待几分钟后，出现结果，方法为PCA，调整解释方差为0.0%
根据Effects重分析
根据“Term Effects”，选择“TN TOC PH SALT”重新进行分析，方法如上，点击New…等，结果如下所示，方法为RDA，调整后的方差解释度为90.2%
TN对物种的影响具有显著性。TN对群落变异的解释度为55.7%，可以认为是驱动群落变异的主要因子。
点击“Graph1”，“Graph2”，会出现环境因子和物种，环境因子和样方的RDA图。
还可以点击“Graph”—“Triplots”—“with environmental variables”制作包含样方、物种和环境因子的三元图。可以点击工具栏按扭 进行颜色、形状、字体等的调整；可以点击
调整位置；可以点击
添加箭头；可以点击
添加标题；可以点击
添加直线。
参考文献
Introduction Canoco 5 for Canoco 4.x users, 2013, Cajo J.F. ter Braak and Petr Smilauer
Multivariate Analysis of Ecological Data using Canoco 5, 2014, Petr Šmilauer, Jan Lepš
基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析, 2009，赖江山
10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑
系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组
专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人
一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树