计算群集服务器易用性准则-VLCC
计算集群服务器的简单使用指南
v1.10(2009-6-17 ) )。
一.系统环境
1 )硬件环境：
1个耳机节点，计算机名称/控制台/节点00，双路4核英特尔
至强e 5320处理器、主时钟1.86G、高速缓存2*4M、内存4G、6个400G SATA硬盘、
Raid5。
8个计算节点，计算机名称为node01-node08双核AMD Opteron 2220处理器，
2.8G时钟、2*1M高速缓存、node01-node04四个节点为8G内存、node05-node08四个节点
节点为4G内存，300G SATA硬盘。
节点之间通过两个以太网连接，一个是千兆网，用于计算数据和文件系统，另一个是
为了管理通信而变成了百兆网。
2 )软件环境：
CentOS 5.1 x64操作系统，内核版本2.6.18-53.el5。
GNU/Intel C/C /Fortran编译器。
MPICH1/MPICH2/IntelMPI/OpenMPI并行编程环境。
Intel MKL/IPP数学通信库。
种子工作资源管理系统。
Ganglia集群监控系统。
)文件系统：
node01-node08是NFS中控制台的/opt和/home目录，node01-
node08的本地磁盘空间还未使用。 因此，不建议在此群集上进行运输，因为此群集的I/O性能不可靠
行会引起大规模的I/O过程。
二.编译环境
当前，计算化学群集服务器推荐使用以下编译器和MPI并行环境的组合：
1. Intel C /Fortran EM64T编译器和MPICH2；
2. Intel C /Fortran EM64T编译器和IntelMPI；
3. Intel C /Fortran EM64T编译器和OpenMPI。
在每个用户的主目录下，有一个名为.compenv的隐藏文件，该文件保存用户的编译环境
安排。 如果此文件已删除或不存在(例如，新用户)，配置脚本将在下次登录时自动运行，这会很重
构成新的编译环境。 配置时只要根据提示选择上述对应的编译器和MPI实现版本的选项即可()
项分别对应于选项1-2/1-3/1-4，注意不要选错了)。
(注意：在Windows上，某些终端工具在自动运行配置脚本时不显示界面，从而导致登录僵化
在状态、例如Xmanager的情况下，能够先用其他的工具、例如putty注册、配置，然后用原工具注册
没有问题。 ）
如果登录后需要临时更改编译环境，请执行以下操作：
source/opt/cluster/sccas/config-comp env
执行上述语句后，当前编译环境已更改，但下次登录时将保留原始配置。 永远
要更改编译环境，请删除主目录中的.compenv文件或运行：
source/opt/cluster/sccas/config-comp env-o~/.comp env
要验证当前的并行编译环境，请运行以下命令进行确定：
which mpicc (用于检查的MPI实现版本) )。
mpicc-show (用于检查MPI编译器绑定的编译器) ) ) ) ) )。
三.作业提交运行
计算集群服务器上当前安装了Torque资源管理系统，该系统是有名的开源系统
OpenPBS的后续开源版本(PBS Pro是OpenPBS的商业化版本)，命令基本上与以下内容兼容
OpenPBS和PBS Pro。 种子资源管理系统的官方网站如下：
/pages/products/torque-resource-manager.PHP
在此网站上，您可以下载软件源代码和配置使用文档。 详情请自行下载
阅读并学习。
简要说明如何在计算化学集群服务器上使用Torque提交执行作业。
1 )作业脚本
在Torque中，作业脚本用于编写执行作业(程序)所需的命令和程序，还可以使用
设定作业的参数。 参数通常在提交作业时直接从命令行指定。 通过用户使用qusb
提交这个作业脚本，将脚本文件中写入的程序和生命