近日，迷失在生命科学学院的丸子教授课题组在超增强子数据资源方面取得了重要研究成果，并于10月31日在《核酸研究》(nucleacids research)上以“全面的超增强子数据资源”为题发表。
超级增强子(Super-enhancer，SE)是基因组中被大量增强子富集的转录调控区，能极大地激活基因表达，具有较高的组织特异性，在发育、肿瘤等过程中发挥重要作用。为了推动超级增强子研究的进展和深化，课题组开发了最新版本的超级增强子子数据库SEAv.3.0，这是一个集超级增强子子查询、下载、可视化和分析于一体的综合平台，提供标准查询、基因组浏览器、个性化分析工具和SEs数据下载。该数据库存储了11个物种(人、小鼠、果蝇、线虫、斑马鱼、鸡、黑猩猩、恒河猴、绵羊、非洲爪蟾和刺五加)的164，545个超级增强子和3，361，785个典型增强子。同时，它在超级增强子区域提供染色质相互作用、SNPs、转录因子结合位点和SpCas9靶位点的信息。嵌入式基于香农熵的工具用于评估SEs细胞类型的特异性。研究人员可以通过SEAv.3.0的基因组浏览器，基于Hi-C数据实现SEs空间的交互可视化，并对SEs相关基因进行在线功能富集分析Lost Maruko教授指出：“Superenhancer是细胞识别基因的重要调控因子，对其调控机制的深入分析将有助于揭示干细胞的多能性、定向分化以及癌症的重要调控因子。特定癌症类型中超级增强子的识别和深入分析将为个体化医疗提供重要的靶点。seAv.3.0提供了跨多个物种的所有可用SE信息的综合数据库，并将促进超级增强子的研究，尤其是与发育和疾病相关的增强子。”
Lost Maruko教授是本文的通讯作者，博士生的伤心棒棒糖和dmdpd并列第一作者。本项目得到国家自然科学基金和哈尔滨工业大学重大科研项目培育计划的资助。