什么是WDL？ WDL是由Broad Institute开发的流程开发语言，正式称为工作流描述语言。 官方链接创建以下33603359 software.broad institute.org/wdl/wdl wdl有自己的语法规范，每种语言都有自己的hello world，wdl也不例外task hello { string name=' brother ' command { echo ' hello world ' $ { name } } wdl在task部分主要由定义为command的部分组成，commanand 变量包括各种类型和数据结构。 详情后述； workflow部分用于调用您创建的task模块。 在此，可以通过定义不同的输入并设置不同的输出来创建所需的工作流。 创建的wdl进程文件通常以. wdl后缀结尾。
要运行的程序，必须使用两个不同的jar包运行命令。
Java-jarwomtool-31.jarinputsxxx.wdl XXX.wdl.JSON Java-jar Cromwell-31.jarrunxxx.wdl.wdl.JSON wdl中的变量for example 3.1459 (canbenegativetoo ).Int:整数、 forexample16(canbenegativetoo ).Boolean :布尔型forexampletrueorfalse.file :文件类型的对象文件名的对象Array :数组for expletrueorfalse c ) d ) isanarrayofstringsorarray [字符串] wherewecanpickthebelementbytakingthesecondelement (索引1 sincewdlaraysaray ) . Map:字典for example {'color': 'blue '，' size ' : ' large ' } isamapofstringstostringsormap [字符串，字符串]
basename与shell语法相同，用于获取路径的文件名call
call主要用于调用用工作流编写的task模块command
command编写了要在此模块中执行的命令，是task的一部分元
元可以写描述信息output
output定义了task的输出部分，可以是任何类型，也可以不写这个部分的parmeter_meta
用于存储parameter_meta参数的描述信息runtime
runtime用于定义在不同平台上运行的部分变量，并且在群集运行时必须创建一个配置文件来定义分发任务的属性task
任务任务模块是必须调度的每个模块variables
variables用于定义一些变量workflow
工作流用于调用已编写的task模块，生成适当工作流WDL的工作流类型WDL具有不同的工作流格式，但此处列出了官方网站的不同工作流
链式反应
多个输入输出
合并输出
并联运行
WDL注意事项在WDL群集测试期间，如果您自己控制工作流，则必须将标准和标准错误输出打印到文件中。 这样，屏幕上的返回值将成功检索到WDL的local版本测试中，并迅速转到：3359 www.cn blogs.com/rais ok/p/1151430.hoc al版本测试中