我想文章目录怎么简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图喜欢在前面的美颜攻略扩展阅读参考后写
如何简化LEfSe分析结果的Cladogram图美化
作者：赵维中国科学院天津工业生物技术研究所
审稿：含蓄蛋包饭中国科学院遗传与发育生物学研究所
我之前写了LEfSe分析，我想大家已经很熟悉了。 网上也有很多文章指导LEfSe分析的流程。 但在实际应用中，仍存在一些问题。 LEfSe以能打印干净的优点请大家画画，为什么在同样的过程中，我们制作的图总是不比别人发给文章的好看？ 例如，其他人发布的图如下：
图1leastdiscriminantanalysis(LDA ) effectsizetaxonomiccladogramcomparingallsamplescategorizedbyfourbacterialprovinces .是wananal
我做的图是这样的：
图2我制作的cladogram的照片
脸部攻略接下来，教你如何如图1所示美化图2。
首先，观察第一张图，仔细观察，这张图之所以漂亮，是因为作者只留下了具有明显差异的分类单位的分支，过滤掉了没有差异的点(黄色)。
在一般流程中，基于LEfSe分析得到的树形图的分歧太多，主要是因为没有不同点(黄色)。
因此，它表示可以从LEfSe流程分析的中间文件. lefse_internal_res中进行编辑。
将LEfSe作为步骤2(LDAeffectsize )的结果文件galaxy 12-[ b ] LDA _ effect _ size lef se ) _on_data_11 ).lef se _ internal
我们要做的就是选择其中差异显著的微生物，以每个不同的分类单元为一行，分别创建一个文件。 这需要notepad的编辑功能：
首先，使用notepad查找-标记来标记差异显著的单元格行；
然后删除未标记的行；
最后，保存编辑后的文件并再次上传到LefSe网站。 注意上载文件的格式，类型选择lefse_internal_res；
上传后，在分析界面中直接选择Plot_Cladogram图即可。
按照上述步骤，我们的第一个(图2 )分析结果优化后如下
优化的cladogram图减少了无差异分类单元的出现，增大了差异微生物的扇面区，结果更加清晰美观。 可以通过在线设置进一步调整图像的字体、尺寸等。
扩展阅读microbiomeViz :绘制lefse结果中的CladogramLEfSe分析。 你真的明白了吗？ 参考lef se官网： http://huttenhower.org/galaxy/
bacterialbiogeographyinthecoastalwatersofnorthernzhejant，eastchinaseaishighlycontrolledbyspatiallystructuredenvironmentalgrgratal
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