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反向互补序列转换,python把字符串转化为数字

时间:2023-05-06 06:20:12 阅读:166005 作者:2637

生物信息学分析中经常对DNA序列进行剪切子序列、获取互补序列、获取反向序列、获取反向互补序列等一系列操作。 在python语言中,可以编写以下函数来实现这些简单的功能:

在子序列剪切python中,可以使用字符串切片功能剪切序列,以便:

seq=' atgatatagtatgcaagagg ' sub seq=seq [ 1:6 ] sub seq ' t GATA '

请注意,切片操作为“0-base”,既不包括左也不包括右。

获取互补序列的常用方法是定义碱基置换词典,如下。

defcomplement(s ):basecomplemt={ 'A':'T ',' T':'A ',' G':'C ',' C':G ',' c ' : ' 3360,' c ' t ' 3: ' t,' t ' t ' t ' t '

python3字符串中使用的translate方法

efcomplement(seq ) : return seq.translate (str.maketrans ),' acgtacgtrymkrymkvbhdvbhd ',' tgcatgcatgcayrkmyrkmbvdvbhd

python2string包的maketrans方法

fromstringimportmaketransdefcomplement (seq ) :returnseq.translate ) maketrans (' acgtacgtrymkrymkvbhdvbhd ',)

逆互补序列取得defRevcoMP(seq ) : return complement (seq ) [:-1]参考资料DNA逆互补序列取得

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