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docker数据卷是什么,docker教程

时间:2023-05-03 16:37:42 阅读:168465 作者:3335

基于Docker使用HeuDiConv在MRI数据(BIDS )1.windows10pro上安装Docker,并参考windows10上的Docker安装和相关配置

2 .整理要整理的数据:

- project-DICOM-su B- 01-t1-func-su B- 02-.2.打开Linux终端:打开Windows Powershell,键入bash运行

获取HeuDiConv镜像: dockerpullnipy/heudiconv : latest

4 .运转:

docker run-- RM-it-v/mnt/c/users/* */desktop/project 3360/basenipy/heudiconv 3360 latest-d/base/dii case

将/mnt/c/users/* */desktop/project更改为您自己的项目路径,然后使用-v将其映射到/bash

/base/Dicom/sub-{subject}/*/*此路径是要处理的图像的地址

-s表示subject的序列号,-ss表示每个subject的会话。 这个项目没有会话,所以可以忽略

5 .完成代码执行后,在/base/Nifti/路径下生成. heudiconv文件夹。 那里有四个文件。

其中:

在Excel中打开文件夹中的dicominfo.tsv时,将显示所有Dicom文件的头文件信息。 使用此信息可以修改要运行的图像分类脚本。

在Nifti文件夹下创建code文件夹,复制heuristic.py,然后用VS Code或Pycharn打开进行修改

1 .第一修改Nifti文件命名约定#原代码data=create _ key (run (item :03 d ) ) (info ) data: ) )设置为t1w=create _ key (su B-) su suB-{subject}_task-rest_bold ' ) info={t1w: [] ),rest 3360 [ ] }第二个修正#原始代码info [ data ].append (s

for subin * dodockerrun-- RM-it-v/mnt/c/users/* */desktop/project 3360/basenipy/heudiconv 3360 latest-heude 将数据上传到heuristic.py-s $ su B- CDC m2 niix-B-overwrite done7.验证是否满足BIDS要求并验证链接

参考:

【1】https://www.zhi Hu.com/column/c _ 130628060162537856

【2】https://reproducibility.Stanford.edu/bids-tutorial-series-part-2a /

【3】https://nipy.org/workshops/2017-03-Boston/lectures/bids-heudiconv/# 1

【4】https://www.youtube.com/watch? v=O1kZAuR7E00

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