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数据统计分析及r语言编程,r语言基因差异表达分析

时间:2023-05-04 01:18:50 阅读:171586 作者:2103

文章的目录结果显示了如何创建ggplot2包

注意,本 系列 有连贯性,每一步都很详细,每一步都很重要,请耐心读完!!

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ggplot2软件包的安装如图所示进行操作

找到并检查一下就行了。

关于制作方法基因的选定标准,即logFC和FDR,请仔细阅读代码进行修正。 这里显示的标准如下。

|log2(FC)| 1 且 FDR 0.01

#文件df=read.CSV(file.choose )、header=T # )中是否有标题,t表示有,f则相反)加载包(反正不会影响多余的事情)库符号和负数之间必须至少有一个空格-1,才能执行# FDR边界和logFC边界限制。 注意: logFC、FDR为矩阵开头(见r语言零度基点基因/数据差异分析(1) ) df(df$FDR0.01df$logfc1)、' Title'] - 'up' #上升趋势过滤器# FDR边界限定和logFC (df$title%in%c )、(up )、(dowm ) )、(title )、(no ) img=ggplot ) df、AES(x=logfc,y=-log10 ) FDR ) size=0) scale _ colour _ manual (limits=c (up ),) dowm ),)下行分别为上升、下降、不变基因颜色values=c ),) blue ) Depleted OTUs,() No diff OTUs ) )下行分别与x、y轴名labs ) x=(log2 ) )对应的y='-log10(FDR ) ) img=img thth size=0.2 )、panel.line fill='transparent ' ) (geom _ vline (xintercept=c (-2,2 )、color='gray '、linetype=2 color='gray ',linetype=2,size=0.5 ) theme (legend.title=element _ blank ),legend.key=element _ rect legt

执行代码时,此时将显示选择文件。 选择时请注意上一章提到的文件。

可以这样导出

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