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跟另一半颜值差距大,为什么夫妻颜值基本相同

时间:2023-05-03 19:17:48 阅读:171591 作者:820

派森诺基因云自发布以来,以其简单的操作、高颜值的图片、良好的体验感受到众多老师和同学的喜爱。 这些云计算模块不仅提供数据统计分析和可视化制图功能,而且是“见即所得”,成为PPT制作、小组会议报告、写作制图、基金申请制图的利器。

差异统计检验是科学研究的重要组成部分,其分析结果可用于检验我们实验结果的真实性、准确性和重复性。 云图汇最新发布的差异检验盒线图,理论上可以用于任何数据的差异检验分析。

对于微生物群的研究,不仅可以利用盒线图比较不同样品群之间的alpha多样性指数差异大小,还可以对不同物种丰度和功能基因含量进行群间差异统计检测,获得群体间存在显著差异的物种组成和功能基因。 这样的分析,在云图集中,一键就可以完成哦~

手把手地画出盒子线图,比较组间的差异种类

步骤1

首先,需要通过云分析模块下载菌群物种构成丰度表。 云平台有两种下载方法。

进入"序列处理分析物种分类学注释",选择"表" (Tables )选项卡,选择页面下方的"点击下载各分类学级别的分类单元丰度表",下载后解压即可查看各分类学级别的分类单元丰度表

从“物种分类学注释”下载获得的各分类学级别上的分类单元丰度表

点击"表"选项卡,点击右上角"下载按钮下载xls文件",获取"分类单元丰度表. xls ",进入指定的分类级别(例如丰度顺序相对最高的几个物种) ) )默认Tols可以根据需要调整数量) )如果需要调整每个样品的丰度数据表(注)菌群的分类级别和种数,请在右侧的分析设置边栏中选择“分类级别

用“物种组成热图”下载分类单元丰度表

步骤2

在Excel中打开下载的" otu_table_*.xls "或"分类单元丰度表. xls "。 如果显示“是否仍要打开”的消息,选择“是”即可。 以属级菌群为例,在两个数据表中,第一行为样品名称,第一列为属级物种名称,表明其在各种样品中的相对丰度。

在Excel中打开的“otu_table_genus.xls”

用Excel打开的“分类单元丰度表. xls”

步骤3

从下载的表中筛选出需要组间差异统计的物种,不关注的物种可以直接删除所有行的数据。 以属级“分类单元丰度表. xls”为例,保留属级Geobacter、Anaeromyxobacter、Sideroxydans、Defluviicoccus、Spirochaeta_2五个物种

筛选后,用于差异统计分析的各种数据

步骤4

要格式化调整筛选的物种丰度表,这里需要使用Excel的转置粘贴功能。 Ctrl A选择所有数据Ctrl C复制-新建excel表格-右击选择性粘贴-单击转置-确认。 至此,物种和样本数据的矩阵转换完成。

进行数据的转置粘贴

传送粘贴的各种组成数据

完成上述操作后,在Excel中另存为“文本文件(以制表符分隔)”将会以txt文档格式保存。

选择是,将丰度表保存为文本文件“以制表符分隔”的txt格式文件

步骤5

填写组信息,在Excel中保存为“文本文件(以制表符分隔)”,并以txt文档格式保存。

填写组信息并保存为txt文档

步骤6

现在回到基因云,进入“云图汇差异检查盒线图”(对应网站: https://www.genes cloud.cn/chart/sigboxplot ),打开数据文件和群组文件

在比较检查框线图模块,上传数据文件和组文件并提交图纸

属水平Geobacter、Anaeromyxobacter、Sideroxydans、Defluviicoccus、Spirochaeta_2共5种差异检查盒线图

图中,各物种对应箱线图子图,Kruskal-Wallis非参数检验得到的组间总体差异的p值,以及各组间Dunn’stest后两比较得到的差异显著性水平的表示(,P0.05;,P0.01;,P0.001 )。

步骤7

细心的伙伴可能发现,种子Anaeromyxobacter由于名字长,在图上显示了不完整。 此时,在右侧边栏的“图表调整”选项卡中,可以根据需要调整图像的配色和字体大小等参数,进行美化设定:

在“图表调整”中自定义调整差异复选框曲线图

步骤8

调整完成后,可以单击图像右上角的菜单按钮下载并保存

所需格式的图片文件,推荐保存为无损的PDF格式哦!

下载保存所需格式的差异检验箱线图

下载获得的差异检验箱线图(示例)

这样,一张高颜值的差异检验箱线图就完成啦!当然,我们也可以使用更多的物种数据进行绘图,比如这样:

通过“物种组成热图”获得的属水平Top 50物种的差异检验箱线图

这样的作图分析,是不是既方便,又简单实用呢?小编再偷偷告诉大家,其实除了微生物组的物种丰度数据,其它只要包含分组和数值的数据矩阵(比如表达量数据、生理生化指标数据、环境因子指标数据等等),都可以通过“云图汇→差异检验箱线图”进行一键分析哦!大家快来派森诺基因云体验吧!

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