RNA-seq过程——使用hisat2进行序列比对(不利用环路&； 利用循环) )未后续)本次使用ky老师的文件进行序列比对，比对中使用双端比对、_1.clean.fq.gz、_2.clean.fq.gz
一.不执行循环匹配1 .匹配之前，首先将目录设置为. fq.gz所在文件夹下的hisa T2-t-P8-x/f/xudong lab/yuanye/reference/ucsc _ MMC -1/f/xudong lab/yuanye/projects/kongyu/RNA _ seq/2021 _ 02 _ 22/clean _ data/clean _ data/RNA-2 如果不执行clean_data/dipg4_2_3_2.cleata循环操作，请不要重复或混淆各组。
(base ) yuanye @ DNA : (/projects/kongyu/RNA _ seq/2021 _ 02 _ 22/clean _ data $ hisa T2-t-P8-x/f/xeq/seq/seq/2020202 ) -1/f/xudong lab/yuanye/projects/kongyu/RNA _ seq/2021 _ 02 _ 22/clean _ data/clean _ data-2/f/xudand
对照结果文件名和后缀
二、利用环路进行比对三. sam文件格式. bam文件bam文件的作用：将内存过大的sam文件压缩为二进制，减少内存
先将路径移动到sam目录，然后进行操作
(base ) yuanye @ DNA : (/projects/kongyu/RNA _ seq/2021 _ 02 _ 22/Sam $ samtoolsview-@8- sdipg4_2_ 3
(base ) yuanye @ DNA : (/projects/kongyu/RNA _ seq/2021 _ 02 _ 22/Sam $ MVD IPG4_2_3. bam/f/Xu donglong Sam $ MVD IPG4_2_4. bam/f/xudong lab/yuang排序(默认按染色体位置排序) yuanye @ DNA : (/projects/kongyu/kongyu ) bam $ samtoolssort-@8- l5-ODI pg4 _2_3. bam.sortdipg4_2_3. bam [ bam _ sort _ core ] merging from 16 filesarm bam $ samtoolssort-@8- l5-ODI pg4 _2_4. bam merging from 16 files and 8in-memory blocks .查看排序结果： (base ) yuanye @
43196610 in total (QC-passedreadsqc-failed reads ) 681990安全0辅助0映射1.823360 n 412514620 06257310只读22420660属性映射(0.593360 n/a ) 249836 withitselfandmatemapped 4349270 singletons (1.053360 n/a ) ) 616 withmatemappedtoadifferentchr 49410 withmatemappedtoadifferentchr (mapq=5)五、得到的读计数文件(*.count/* . tab )信息1 .使用WC命令统计结果(base (yuanye @ DNA : (/projects/kongyu/RNA _ seq/2021 _ 02 _ 22/bam/ball gown/2021 _ 02 _ 22/bam/ball gown/dip G4 _2_3$ WC-l *.tab #同一批测序结果中每文件行数相同的24566 dip G4 _2_3. gengeng projects/Kongyu/RNA_ )可查看bam $ ht seq-count-rpos-fbamdipg4_2_4. bam.sort/f/xudong lab/yuanye/yuand