lammps colvars
计算粒子孔的PMF时，粒子不通过孔或通过后，只在一侧振动
简单的体系是以下模型，有分子和简单的孔：
轨迹
PMF
colvarstrajfrequency 1000 col var { nameonewidth 1.0 extendedlagrangianonextendedtemp 298扩展流动0.1 #应该取多少？ 标准是什么？ 距离z { main { atom numbers 19 } ref { dummy atom { 25.0，24.0，119.0 } axis { 0.0，0.0，- 1.0 } lower boundary-23 upperwallconstant 10.0 col var { nametwowidth3extendedlagrangianonextendedtemp 298 extended fluctuation 0.1 distance xy { main } atondedfluctuation 0.1 distance xy { main } ref { dummy atom (25.0、24.0、119.0 ) } lower boundary 0.0 upper boundary 3.0 # hardlower bower # upperwallconstant 10.0 abf { nameabfcolvarsonetwofullsamples 1000 # #的大小和标准？ applyBias yes historyFreq 1000}模型变得复杂后，溶液体系、离子和情况都变得相当复杂。
如以下轨迹所示，离子只在孔的一侧往返，不再次通过孔的概率高
非常困扰！