##Time:2017-10-8
# # author :冯胜玉
# ——335433543354335433543354335433543354335433543354335433543354335433543354335433543354——3——3333——3333333—— -
#一、安装所需的r包(推荐的r版本3.2.2 ) ) ) ) ) ) )。
#必须安装的包：
# 1、集群配置文件器
# source (" http://bio conductor.org/bioclite.r "
# bioclite (“群集配置文件器”)
# 2、org.Mm.eg.db/org.Hs.eg.db (需要研究的物种-支持小鼠/人类) ) ) ) )。
#bioclite(「org.mm.eg.db”)/bioclite (“org.hs.eg.db”)。
# 3、DOSE
#bioclite(dose )
库(集群配置文件)。
是库(dose )
library(org.mm.eg.db )。
#二change the type of gene
#使用的上游数据是RNA-seq完成的差异表达的基因列表
#example:
# 15431
# 244091
# 15430
# 319158
# 13871
# 109663
# 735269
# 378431
# 21384
# 105247262
导入gene list
吉恩
通用同步
通用同步
#要转换基因型，一般在cufflinks上进行的结果为symbol，此时需要转换为entrzid
geneEntrezID
#可以同时转换为多种类型的基因
#geneEntrezID
#三. enrichment analysis
#GO富集分析
ego_cc
OrgDb=org.Mm.eg.db，
ont=“抄送”、
pAdjustMethod=“BH”、
最大大小=1，
pvalueCutoff=0.05，
qvalueCutoff=0.05，
可重写=true
）
setwd(「f:生物信息工具大全r”)
write.table (as.data.frame (ego _ cc @ result )，file=”test_CC.txt "，sep=”t " )
#KEGG富集分析
kk
organism=”mouse”、
pvalueCutoff=0.05，
qvalueCutoff=0.01，
最大大小=1，
use_internal_data=FALSE
）
write.table (as.data.frame (kk @ result )，file=”test_kk.txt "，sep=”t " )
#通过绘图显示结果
barplot(Ego_cc，showCategory=15，title=”EnrichmentGO_CC " ) #条形图，按p从小到大的顺序
dotplot(Ego_BP，title=”EnrichmentGO_CC_dot”)点阵图以丰富的数量从大到小
# ————3——核心代码————354——354—— -
setwd(「f: (硕士学生(go和KEGG的丰富分析)”
库(集群配置文件)。
是库(dose )
library(org.mm.eg.db )。
吉恩
通用同步
geneEntrezID
ego_cc
OrgDb=org.Mm.eg.db，
ont=“抄送”、
pAdjustMethod=“BH”、
最大大小=1，
pvalueCutoff=0.01，
qvalueCutoff=0.01，
可重写=true
）
write.table (as.data.frame (ego _ cc @ result )，file=" haimati _ m _ up _ enrich _ go.txt "，sep=”t
barplot(Ego_cc，showCategory=15，title=”GO_Enrichment”)条形图，从小到大
ego_BP
organism=”mouse "，# http://www.genome.jp/kegg/catalog/org _ list.html (species names ) )。
pvalueCutoff=0.05，
qvalueCutoff=0.01，
最大大小=1，
use_internal_data=FALSE
）
write.table (as.data.frame (ego _ BP @ result )，file=" haimati _ m _ up _ enrich _ kegg.txt "，sep="___ "
dotplot(Ego_BP，title=”EnrichmentGO_CC_dot”)点阵图以丰富的数量从大到小