KOBAS介绍
KOBAS是北大生物信息中心开发的网络工具，用于基因/蛋白质功能注释(注释模块)和功能基因子富集(富集模块)。 以下是KOBAS的英语介绍。
kobas 3.0 isawebserverforgene/proteinfunctionalannotation (annotate module ) andfunctionalgenesetenrichment ) enrichment module it accepts gene list as input，including IDs or sequences，andgeneratesannotationsforeachgenebasedonmultipledatabasesaboutpathways，ays andgeneontology.forenrichmentmodule，itcanaccepteithergenelistorgeneexpressiondataasinput，and generates enriched gene sets，) p-valueoraprobabilityofenrichmentandenrichmentscorebasedonresultsofmultiplemethods。
如上图所示，KOBAS主要分为三个模块，分别是注释、基因列表丰富、实验数据丰富。 KOBAS也可以通过命令行方式进行分析。 您可以在download页面上下载tarball格式的安装软件包，并在linux终端的命令行上进行操作。 以下，分别通过web方式和命令行方式进行KEGG丰富分析
1 .通过主页方式进行KEGG富集分析
如上图所示，我们在Gene-list Enrichment。 在此选择Emsembl Gene ID，然后选择种子Homo sapiens，并粘贴gene list。 下面只检查KEGG Pathway，然后单击Run。 此处生成TaskID
总共生成了296个KEGG terms。 这里生成的大表格，点击download可以得到KEGG的富集分析。 以下博客介绍了如何在命令行模式下进行KEGG富集分析