文章目录论文地址DAVID官网KEGG富集分析结果气泡图cytoscape软件制作代谢路径网络图准备输入文件network datatable data输入network文件输入table文件设置风格、颜色手动调整、图像保存
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KEGG富集分析与GO富集分析方法一致，具体步骤参照我前面的文章DAVID在线工具进行GO富集分析，这里主要给出可视化结果
获得KEGG富集分析结果1 .输入文件为所有差异表达基因列表
2 .如果选择富含go的分析结果，请单击pathways(1selected )下拉选项，选择KEGG_PATHWAY选项，然后单击' kegg_pathway.txt
气泡图setwd('./3.David_go_kegg/kegg ' ) rt=read.table ) file='kegg_Pathway.txt '，sep='t sep=': '，into=c('id '，' Term ' ) ) library ) ggplot2 y=Term () geom_point(AES(size=count， color=-1 * log 10 (pvalue ) ) ) ) ) scale_colour_gradient ) low='greeent high='red ' ) labs (color=exprrent ) x=' fold enrichment ' # y # title=' pathway enrichment ' ) (theme_bw ) theme ) axis.text.y=element _ text (size axis.y ) element ) size=Rel ) 65 axis.title.y=element_blank () ggsave('plot.pdf '，width=7，height=4
cytoscape软件会创建代谢路径网络图软件的下载位置，将环境放置在java8上，软件会自动下载并安装java8。 cytoscape教程视频(如果需要安装和卸载java9，然后再安装)
准备输入文件networkdatalibrary(tidyr ) separate_keggSIG=separate_rows ) keggSIG， Genes ) network _ data=separate _ kegg SIG [ ' genes ' ] colnames (network _ data (2)='name'write.table ) netwe file=' network _ data.txt ' col.names=t ) tabledataunigene=unique (network _ data $ name ) allsign=read.table sep quote=' ' ) pathway _ gene=all sign [ match (uni gene，allSign$Name )，) pathway _ gene $ status=if else ] pathwaw ' down ' ) df=data.frame(name=keggSIG[，2]，status=rep ) id '，nrow ) keggSIG ) ) table_data=rbind ) did
输入table文件的默认设置就可以了
设定样式、颜色
手动调整、保存图像很花时间，适合边听歌边画画。 真有趣
接下来是成品。 果然很难看。 果然没有艺术细胞。 普通照片可以保存为pdf格式，也可以保存为cys文件。 便于再次在cytoscape中打开
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