前面的内容由于空间不够了,呵呵,现在只能再换一页,接着上面的写:
5:建立系统的成分:
这个过程与只有膜结构的系统成分的建立过程类似。
因为这个过程中我们产生了mrdxmt,页面会提示你优化mrdxmt分子,对于那些没有在感性的睫毛膏中的水分子要删除(用蛋白软件将产生的PDB文件打开,观察体系中是否与暴露在感性的睫毛膏外面的水分子,如果存在的话将那些水分子移除。
6: 先建立磷脂双分子层,然后产生离子和水分子
7:将体系组装起来
在产生了系统的成分之后,体系将会组装成PDB和PSF文件
8: 对系统进行平衡
三:不均匀膜-蛋白复合物的构建
1: 不均匀体系的构建仍然以2K4T为例子来做。
2:读入PDB文件,具体操作与建立均匀的膜体系的过程类似。
3:蛋白方向和位置的选择:
与均匀膜结构的选择过程一样。
4:决定体系的大小
我们要建立的是一个不均匀的膜双层结构,由3种不同的脂分子组成,例如DMPC,POPC和胆固醇,比例分别为10:5:1,将相应的比例值填到相应的inputbox中,然后点击
“Show the system"的按钮,继续进行下一步
5:建立体系的组成部分
与前面建立均匀膜体系的过程类似,同时也要注意如果有mrdxmt的话,mrdxmt应该在体系内部,需要把感性的睫毛膏外面的水去除。
6:将组装好的体系组装成PDB文件和PSF文件。