做转录组的目的,origin源型机

# # # # ' Gene_symbol '，' Function ' )数据读取. CSV (文件=' ./muscle/RES '，header=T， sep=by=c(id ) gene_id ) ) ) names ) data )-c )、) id )、) base )、) log2FoldChange )、) if ) sta )和功能% % mutate (fc=2* * log2 fold change，direction if_else (ABS (log2 fold change ) 1，' ns '，if _ else ) ) ll (' down ' () ) ) ) ) ) ) )进行差分倍数的补充和信息的上下调整padj、Swissprot_ID、Gene_symbol， 功能筛选相关列筛选(ABS (log2 fold change )1 padj0.05 ) %#筛选相关差异基因mutate (fold change ) 0.05 ) )筛选(down ) )差异倍数和上下信息互补)这里，将#火山图ggplot2与基因信息表关联，将library(ggplot2) library (gg sci ) #绘图颜色gg plot (data=data ) AES ) ) ) ) 652 y=-log10(padj ) #绘制画布，x， y轴geom_point ) ) geom_point ) AES ) color=direction ) ) )在ggsci中，nature的比例theme (#999999 )、“#e64b35ff'(#自定义颜色集合库(gg plot2)库(ggrepel ) )点的软件包，其中标签为top _ de - ABS(log2foldchange )2 padj 1e-5 ) #差异最大的基因标签ggplot(data=data_plot，AES ) x=log2foldchange， 筛选y=-log10(padj ) )的y轴geom_point(geom_point ) AES ) color=direction，#alpha=ABS ) log2foldchange ) #定义点的透明度size=ABS(log2foldchange )定义点的大小# color=' ' #排除图例标题(geom_hline(yintercept=-log10 ) 0.05 )、linetyer 修改线的粗细(geom_vline(xintercept=c(1，-1)，linetype='dashed ' ) geom ) )。 #标记点AES(label=gene_symbol )、min.segment.length=0.5、box.padding=0.5 ) scale _ color _ manual () 12 ) #y轴范围xlim (设置c (-11，11 ) )设置x轴范围guides (size=f ) )修改图例并删除图例theme_bw )主题theme ) plot.title=elle 0.85 )以自定义图例位置legend.background=element _ blank，legend.key=element_blank