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mirna数据挖掘,mirna表达谱数据库

时间:2023-05-03 07:37:22 阅读:238421 作者:1904

miRNA数据库篇——mirBase(序列数据库)

miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库(序列数据库),该数据库中收录了来自200多个物种,接近4万个miRNA的信息,是最全面的miRNA数据库,网址如下

http://www.mirbase.org/index.shtml

主页面:


①:导航栏

Home:首页

Search:课通过多种方式检索miRNA

Browse:可通过物种检索miRNA

Help:帮助信息

Download:下载页面

Blog:miRBase日志

Submit:注册新得miRNA

②:检索栏

③:miRBase数据更新日志

④:miRNA数据库版本号以及目前收录得miRNA条目数量

⑤:miRNA检索栏:可通过miRNA名字或者关键字检索miRNA(与②基本一样)

⑥:下载链接

⑦:miRBase数据库简介

⑧:参考文献(miRBase结果用于发表时需要引用相关文献)

有关miRNA信息检索可以查看这一篇文章:

miRBase数据库使用教程

我们可以方便的检索和浏览该数据库中的信息,以human为例, 在Browse菜单中,可以检索到hman的所有miRNA前体,示意如下

ID代表miRNA前体的名字, Accesion代表miRNA 前体的编号;RPM为Reads perl million mapped的缩写,代表miRNA前体的表达量;Chromosome, start,end,strand表示miRNA前体所在的染色体位置信息,Confidence`表示可信度。

以hsa-let-7a-1为例, 点击该链接可以查看详细信息,在详情页面,可以得到这个miRNA前体对应的基因,序列,茎环结构等信息

还可以看到这个miRNA前体产生的的两条成熟的miRNA序列和对应的靶标数据库,示意如下

miRNA靶标注释可以分成以下两大类

1. validated targets

实验验证的靶标结果,对应的数据库如下

MIRTARBASETARBASE 2. predicted targets

软件预测的结果, 对应的数据库如下

DIANA-MICROT

MICRORNA.ORG

MIRDB

RNA22-HSA

TARGETMINER

该数据库是免费下载的,ftp地址如下

ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/

下载的整体数据集示例:

可根据自己想要的进行筛选,筛选办法:

python 选取列表中某列所含特定字符所在的所有行

python3怎么筛选excel中特定的行(行中的值满足某个条件/行中的值属于某个集合)

参考来源:

作者:生信修炼手册
链接:https://www.jianshu.com/p/b057f152759f
来源:简书

作者:MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud)

链接:https://cloud.tencent.com/developer/article/1481947

来源:微信公众号

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