使用autodock的小伙伴们，按照这个步骤走一遍基本就会了。而且正式做东西的话，也基本是这个步骤。
Autodock的步骤如下：（以4BGY和ex4为例）
1. 在4BGY.pdb文件中将水和1分子木糖去除。（可以使用pymol,VMD,viewerlite，DS等软件，将水和木糖去掉，或者直接以文本格式打开pdb文件，删去水和木糖的部分）
2. 软件部分。
(1) 首先确定工作文件夹（不能有中文目录）：
File>Preferences>Set…>在第三个空里填入工作目录如“E：/dock”>Make Default
(2) 在PMV中打开受体大分子4GBY.pdb，加氢、加电荷并保存.pdbqt文件。
File>Read Molecule>4GBY.pdb>打开
Edit>Hydrogens>Add>点“OK”
Edit>Charges>Compute Gasteiger
Grid>Macromolecule>Choose…>选择4GBY后点“Select Molecule”>弹出的窗口点“确定”>弹出对话框点“保存”自动保存4GBY.pdbqt
为避免打开多个分子时需要选择的问题，可Delete大分子4GBY
(3) 在PMV中打开配体小分子ex4.pdb，加氢、加电荷、加Root，保存.pdbqt文件。
File>Read Molecule>ex4.pdb>打开
Edit>Hydrogens>Add>点“OK”
Edit>Charges>Compute Gasteiger
Ligand>Input>Choose…>选择ex4后点“Select Molecule for Autodock 4”
Ligand>Torsion Tree>Detect Root…
Ligand>Torsion Tree>Show Root Expansion
Ligand>Torsion Tree>Show/Hind Root Marker
Ligand>Torsion Tree>Choose Torsions…>Done
Ligand>Output>Save as PDBQT…>保存
为避免打开多个分子时需要选择的问题，Delete ex4
3. Autogrid
Grid>Macromolecule>Open…>4GBY.pdbqt>弹出的所有窗口点Yes、OK或确定
Grid>Set Map Types>Open Ligand…>选择“ex4.pdbqt”>打开
Grid>Grid Box…>确定box的位置>在打开的调节窗口中点“File”>Close saving current
Grid>Output>Save GPF…>保存文件名如“4GBY.gpf”>保存
Run>Autogrid
4. Docking
Docking>Macromolecule>Set Rigid Filename…>选择并打开4GBY.pdbqt
Docking>Ligand>Open…>打开ex4.pdbqt>Accept
Docking>Ligand>Choose…>选择ex4，点“Select Ligand”>Accept
Docking>Search Parameters>Genetic Algorithm…>Accept
Docking>Docking Parameters…>Accept
Docking>Output>Lamarckrian GA(4.2)…>保存.dpf文件
在开始菜单中调出cmd命令框，输入如下图所示命令，回车：
若工作文件夹里没有出现.dlg文件则：
Run>AutoDock…>出现如下对话框>在Log Filename里敲上“4GBY.dlg”，同时在Cmd中输入与上图相同的命令（即加上4GBY.dlg）>Launch
出现下图所示Autodock Process Manager窗口，等待程序跑完（5-10min），窗口消失。
5. 看Docking结果：
删除PMV中已打开的所有分子
Analyze>Dockings>Open…>选择并打开4GBY.dlg文件>出现的对话框都点Yes或确定
Analyze>Macromolecue>Open
Analyze>Conformations>Play…
更多分析，比如聚类，可自己在analyze里找到，并不难。希望以上可以帮到你。