在认证要求方面，早期的SSL并设有提供商家身份认证机制。虽然在SSL3.0中可以通过数字签名和数字证书实现浏览器和Web服务双方的身份验证，但仍不能实现多方认证。相比之下，SET的安全要求较高，所有参与SET交易的成员（持卡人、商家、发卡银行、收单银行和支付网关）；都必须申请数字证书进行身份识别。
在安全性方面，SET协议规范了整个商务活动的流程，从持卡人到商家、到支付网关、再到认证中心及信用结算中心之间的信息流走向，以及必须采用的加密、认证都制定了严密的标准，从而最大限度地保证了商务性、服务性、协调性和集成性。而SSL只对持卡人与商家的信息交换进行加密保护，可以看做是用于传输的那部分的技术规范。从电子商务特性来看，并不具备商务性、服务性、协调性和集成性。因此，SET的安全性比SSL高。
在网络层协议位置方面，SSL是基于传输层的通用安全协议，而SET位于应用层，对网络上其他各层也有涉及。
在应用领域方面，SSL主要是和Web应用一起工作，而SET是为信用卡交易提供安全。因此，如果电子商务应用只是通过Web或是电子邮件，则可以不要SET。如果电子商务应用是一个涉及多方交易的过程，则使用SET更安全、更通用一些。