参考文章：
bowtie2使用手册
老菜鸟终于开始进行CHIP-seq的学习啦，又是开始学习新的软件。不过现在感觉没那么头大了，毕竟前边学了一些了。先做些简单的记录吧。
1.安装软件安装仍然在服务器中使用miniconda进行安装，参考文章RNA-seq流程学习笔记（3）。
2.Bowtie2软件的使用1. 软件说明
bowtie2 --helpUsage: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --interleaved <i> | -b <bam>} [-S <sam>]# 与之前RNA-seq比对类似，需要使用比对索引，我使用的是同事自己制作的bt2-inx索引，具体方法以后了解 <bt2-idx> Index filename prefix (minus trailing .X.bt2). NOTE: Bowtie 1 and Bowtie 2 indexes are not compatible.# 输入文件为CHIP-seq测序回来的结果，我采用的是双端测序 <m1> Files with #1 mates, paired with files in <m2>. Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2). <m2> Files with #2 mates, paired with files in <m1>. Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).# 如果为单端测序时采用-r参数 <r> Files with unpaired reads. Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).# 测序为交叉配对端？暂时不懂。。。 <i> Files with interleaved paired-end FASTQ/FASTA reads Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2). <bam> Files are unaligned BAM sorted by read name.# 输出文件默认为sam文件 <sam> File for SAM output (default: stdout)# 如果测序结果为多条，可以使用逗号进行分割 <m1>, <m2>, <r> can be comma-separated lists (no whitespace) and can be specified many times. E.g. '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.# 显示进程时间-t/--time print wall-clock time taken by search phases# 使用线程数-p/--threads <int> number of alignment threads to launch (1)2. 操作记录
(base) zexing@DNA:~/projects/xiaxianyou/ChIP_data/clean_data$ bowtie2 -t -p 16 -x /f/xudonglab/zexing/reference/UCSC_mm10/bowtie2_index/mm10 -1 GL261-A17_FKDL202582222-1a_1.clean.fq.gz -2 GL261-A17_FKDL202582222-1a_2.clean.fq.gz -S ../sam/GL261-A17_FKDL202582222-1a.samTime loading reference: 00:00:02Time loading forward index: 00:00:10Time loading mirror index: 00:00:04^C 终止确定代码：
bowtie2 -t -p 16 -x index -1 sample_1.fq.gz -2 sample_2.fq.gz -S sample.sam3. 使用shell script进行批量比对
关于shell脚本的使用，参考文章Linux学习笔记-学习shell脚本的使用
（1）使用Vim编辑器编写bowtie2.sh脚本如下：
#! /kndlq/bash#上面一行宣告这个script的语法使用bash语法，当程序被执行时，能够载入bash的相关环境配置文件。# Program:# This program is used for alignments of ChIP-seq data by Bowtie2.#History:# 2020/07/14 zexing First release#bowtie2命令为短序列比对命令#Usage: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --interleaved <i> | -b <bam>} [-S <sam>]#简写代码：bowtie2 -t -p 16 -x index -1 sample_1.fq.gz -2 sample_2.fq.gz -S sample_1.bam#调用程序bowtie2，参数-t显示进程时间，-p设置线程数， -x 指定比对索引的位置及前缀，-1为双端测序的一端，-2为双端测序的另一端，-S指定输出的比对结果位置及名称。#利用samtools sort命令，对产生的bam文件进行排序#对变量${i}利用 for ${i} in A B C D 的方式遍历指定for i in GL261-A17 GL261-SCR-A17dobowtie2 -t -p 16 -x /f/xudonglab/zexing/reference/UCSC_mm10/bowtie2_index/mm10 -1 /f/xudonglab/zexing/projects/xiaxianyou/ChIP_data/clean_data/${i}_1.clean.fq.gz -2 /f/xudonglab/zexing/projects/xiaxianyou/ChIP_data/clean_data/${i}_2.clean.fq.gz -S /f/xudonglab/zexing/projects/xiaxianyou/ChIP_data/clean_data/sam/${i}.samdone（2）后台运行bowtie2.sh脚本如下：
(base) zexing@DNA:~/projects/xiaxianyou/ChIP_data/script_log$ nohup sh bowtie2.sh &[1] 99340