1.都是操作系统，不同是Linux开放源代码而windows不开放
2.系统的结构不一样
比如说 设备都可以像访问文件一样访问，脚本语言很强大操作方式有差别
c程序方面，用的函数库不一样，只要函数库、有些如文件系统表示方面的差异解决好了，编译的程序可以通用。
linux的核心也是C语言写的
C程序通常是用文本编辑器写，GCC编译器编译，make来管理项目，虽然也有集成开发环境，但很多都不需要，win的编程tydsy也是用的文本编辑器开发。
linux的命令行（就像win里的cmd）很强大，可以一次完成很复杂的任务而不需要写软件。
3.对于 C 编程来说，他们最大的区别就是提供给你的系统相关的特性不一样。这个导致了所谓的移植性问题以及平台特性的问题。形象点的比喻是你可以认为 Linux 和 Windows 都是人。他们都懂一部分英语，但是一个的母语是汉语，一个是德语。你用的英语如果他们刚好都懂，那他们就能很好的帮你做事。如果你说的英语他们不懂，那就只能用他们的母语给他们说。这样的结果就是你用德语说的 Linux 听不懂；你用汉语说的 Windows 又听不懂。所以，如果是简单的编程，那他们没有多大区别。如果是复杂的…你就准备翻译一方的母语成另一方的母语吧。
4.linux编程主要是以命令的输入来实现编程的效果，而windows编程则是以窗体也就是GUI(图形用户界面（Graphical User Interface，简称 GUI，又称图形用户接口）是指采用图形方式显示的计算机操作用户界面。)来实现的。
5.从运行的稳定性来说。各有利弊。但linux的任何程序都是相对独立的，哪怕gnome和kde（图形界面）也是独立的。而软件的崩溃只是软件的崩溃，很少造成系统的瘫痪（死机）。只有重新运行程序就好了。windows吗，就不用说了，没见过windows死机的人，我没见过。
6.对于中文的支持来说。windows的多个版本对于windows的支持是很强的。字体也很漂亮。而linux虽然也支持中文，但要完全支持中文是要手动做很多设置的，不过就算做的再好。总有机会看到中文乱码的（因为几乎每个软件都要设置字体和字符编码的）。而且中文的字体比较烦，不是很好看。