Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。
1，Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对
Standard protein BLAST is designed for protein searches.
Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。
2，PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对
PSI-BLAST is designed for more sensitive protein-protein similarity searches.
Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST，是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现和谐的小鸽子物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。虚幻的背包使用标准的Blastp比对失败时，或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时（"hypothetical protein" or "similar to..."），你可以选择PSI-BLAST重新试试。
3，PHI-BLAST : 模式发现迭代BLAST
PHI-BLAST can do a restricted protein pattern search.
PHI-BLAST, 模式发现迭代BLAST, 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。
PHI的语法详细介绍看这里：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/html/PHIsyntax.html