官网流程：
https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot（打开的时候开VPN）
1、安装：
可以用conda安装
conda install -c bioconda rmats2sashimiplot
安装好之后输入 rmats2sashimiplot -h
出现帮助文档即可以使用
按照官网给的方法安装：
（1）下载安装包到本地，并解压好，将解压好的文件拖到服务器中
（2）安装依赖：conda install 安装即可
（3）进入到rmats2sashimiplot-master的文件夹里，给**setup.py 777的权限，执行python ./setup.py install** 安装rmats2sashimiplot
（4）输入**rmats2sashimiplot -h** 出现帮助文档，即可使用
2、运行：
用sam文件：
rmats2sashimiplot --s1 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_1.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_2.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_3.sam --s2 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_1.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_2.sam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_3.sam -t SE -e ./rmats2sashimiplot_test_data/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_events_output
用bam文件：
1、带 -c 坐标的：
rmats2sashimiplot --b1 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_3.bam --b2 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_3.bam -c chr16:+:9000:25000:./rmats2sashimiplot_test_data/annotation.gff3 --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_coordinate_output
1、bam文件为hisat2 比对得出的bam文件
2、给文件sort以下，并给sort好的bam文件建索引
3、使用sort之后的sort_bam文件，进行rmats2sashimiplot 可视化
4、-c 座标后面的参考基因组注释文件用 gff 3格式，并且和所要用的bam文件放在同一个目录下，即 -c 染色体：起始：终止-1：正负链：./参考基因组注释文件
5、这里的需要可视化SE.MATS.JC.txt的文档，里面有几条内容，就会生成几个图片，所以需要自己去挑选一下，挑选的时候，尽量不要选存在 NA 的值。
运行代码：
rmats2sashimiplot --b1 ./sample1_sort.bam,./sample2_sort.bam,./sample3_sort.bam --b2 ./1_sort.bam,./2_sort.bam,./3_sort.bam -c chr16:+:9000:25000:./annotation.gff3 -t SE -e /www/data/gaoshuang/cleanData/hisat2-bam/output_b8/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_coordinate_output
不带-c座标：
rmats2sashimiplot --b1 ./sample1_sort.bam,./sample2_sort.bam,./sample3_sort.bam --b2 ./1_sort.bam,./2_sort.bam,./3_sort.bam -t SE -e /www/data/gaoshuang/cleanData/hisat2-bam/output_b8/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_coordinate_output
2、不带 -c 坐标的：（输出的图片同sam文件）
rmats2sashimiplot --b1 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_1_replicate_3.bam --b2 ./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_1.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_2.bam,./rmats2sashimiplot_test_data/sample_2_replicate_3.bam -t SE -e ./rmats2sashimiplot_test_data/SE.MATS.JC.txt --l1 SampleOne --l2 SampleTwo --exon_s 1 --intron_s 5 -o test_grouped_output
–s：输入的文件格式为sam文件（参考组和对照组），每个sam文件前面都要带路径
–b：输入的文件格式为bam文件（参考组和对照组），每个bam文件前面都要带路径
-t：输入的可变剪切事件的类型
-e：rmats定量输出的结果文件，如果-t是SE，则这部分输入的为SE.MATS.JC.txt 文件
–l1，–l2：输出的对照组和参考组对应的名字（可以自己起）
-o：输出的文件名称
-c：染色体的座标 （染色体：正负链：开始：终止： + gff3格式的注释文件） 这个座标应该可以根据sam文件输出的结果txt表格中，去查看
使用过程中，缺少libgfortran.so.1，出现以下问题的解决方法：
解决方法：conda install libgfortran==1
可视化的文件在plot的文件里，为pdf