前言
构建进化树的流程为:整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础,主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。
一、MEGA进行序列对比
刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0,首先点击Align→Edit/Build Alignment,会弹出一个对话框,点OK,弹出第二个对话框,根据自己的序列选择,我选择DNA序列
会弹出另一个对话框,点击Edit→Insert Sequence From File ,打开自己整合后的fasta文件
打开之后,进行序列对比,点击Alignment→Align by ClustaW,然后使用默认参数,点击OK,
然后我的电脑就卡死了哈哈哈哈哈哈
一般来说,MEGA更适用于较少的较短的序列对比,而且对比后还要删除相应的gap,再去建树分析,而我的序列很长也很多,所以当我点完OK后这个软件就歇菜了。短序列对比可以用MEGA,但是mafft太好用了,我以后可能都不会用MEGA对比序列了
二、mafft序列对比打开mafft需要找到他的安装包,解压后在文件夹内打开
打开后页面是这样
一般我会将我要对比的序列文件放到这个文件夹下面,然后直接将文件夹拖入@后,然后点回车键,出现如下页面,在Output file后面输入自己想要输出文件的路径,然后回车
出现新选项,选择4,回车
然后选1,回车
回车,回车,输入Y,回车
然后运算就开始了
等运算结束后,可以直接在输出的文件夹内找到新的FASTA文件,这个输出的文件就可以直接用于构建系统发育树啦
总结
序列对比首选mafft