二维绘制结构式是人类了解分子形状和特性的第一步。
RDKit中有多个绘制引擎,通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图,并说明SVG格式的绘制方法,该方法自2015.03更新起可用。可能有很多细节,但是了解幕后发生的事情通常会很有帮助。
导入模块和载入数据
首先,导入必要的库和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。
from rdkit import rdBase, Chemfrom rdkit.Chem import AllChem, Drawfrom rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2Dfrom IPython.display import SVGprint('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion) rdkit version: 2020.03.1 suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011165056.sdf')mols = [x for x in suppl if x is not None]len(mols) 200