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python spearman相关系数,python spearman

时间:2023-05-06 15:33:43 阅读:280943 作者:2351

我有一个python脚本,它从基因表达式数据生成z分数。我还希望脚本创建一个spearman相关输出。我想知道复制品之间的相互关系。所以在输出中,行和列都是复制名。在

我还没有找到任何关于如何使用scipy计算两个以上列表的spearman等级相关性的例子。我能用西皮的吗统计忐忑的可乐在一个命令中比较所有的复制?我把数据存储在一个字符串中。以下是我的一些代码:t_vals=[]

z_outline = []

z_outlines = []

header = None

for line in input_file:

line = formatLine(line)

if line.startswith("#"):

header = line

header += "n"

z_output.write(header)

sp_output.write(header)

continue

lineList = line.split("t")

vals = []

in_vals =[]

for item in lineList[1:]:

val = float(item)

in_vals.append(val)

vals.append(val)

median = robjects.r['mean'](robjects.FloatVector(vals))[0]

mad = robjects.r['sd'](robjects.FloatVector(vals))[0]

z_vals = []

t_vals = []

for v in in_vals:

if mad == 0:

z_val = (v - median) / CLOSE_TO_ZERO

else:

z_val = (v - median) / mad

z_vals.append(z_val)

t_vals.append(z_val)

z_vals_str = []

for v in t_vals:

z_vals_str.append("%.4f" % v)

z_outline = "t".join(lineList[:1]) + "t"

z_outline += "t".join(z_vals_str)

z_outline += "n"

z_outlines.append(z_outline)

for outline in z_outlines:

z_output.write(outline + "n")

谢谢你的帮助!谢谢

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