ensemble基因数据库,ensemble stars wiki

 

Ensemble公共MySQL数据库

对于大量数据和更详细的分析，Ensemble的MySQL服务器ensembldb.ensembl.org，useastdb.ensembl.org或asiadb.ensembl.org，可以以匿名方式访问。 第三台服务器martdb.ensembl.org提供对BioMart数据库的公共访问。 如果您对人体GRCh37装配的数据感兴趣，只能在ensembldb.ensembl.org上获得（参见下面的连接细节）。

从Ensembl数据库中检索数据有两种选择：

Perl API

Perl API（详细）

MySQL客户端

使用MySQL客户端登录Ensembl数据库需要了解使用的复杂数据库模式的知识。另外还要注意，数据库MySQL查询不支持检索序列; 要检索序列，请使用Perl API。

ServerUserPasswordPort(s)VersionNotesensembldb.ensembl.organonymous-3306 & 5306MySQL 5.6.33From Ensembl 48 onwards onlyuseastdb.ensembl.organonymous-3306 & 5306MariaDB 10.0.30Current and previous Ensembl version onlyasiadb.ensembl.organonymous-3306 & 5306MariaDB 10.0.30Current and previous Ensembl version onlymartdb.ensembl.organonymous-5316MariaDB 10.0.30From Ensembl 48 onwards onlyensembldb.ensembl.organonymous-3337MySQl 5.6.33Databases for archive GRCh37 - release 79 onwardsensembldb.ensembl.organonymous-4306MySQL 4.1.20Up to Ensembl 47 onlymartdb.ensembl.organonymous-3316MySQL 4.1.20Up to Ensembl 47 only Ensembl API

Ensembl API支持多种语言GET或POST请求访问，返回json或xml格式的信息。

参考资料

Ensembl

转载于:https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9332536.html