本文目录一览：
- 1、config.json是什么文件
- 2、服务器参数配置文件config.json该怎么设置
- 3、微信小程序（上）
- 4、python中四种配置文件
- 5、OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）
config.json是什么文件
config.json文件用于工程配置初始化，在程序运行之前配置好。
以下是 cocos2d-x lua 工程的 config.json的文件实例:
{
"init_cfg":{
"isLandscape": true,
"isWindowTop": false,
"name": "CocosLuaGame",
"width": 960,
"height": 640,
"entry": "src/main.lua",
"consolePort": 6010,
"uploadPort": 6020,
"debugPort": 10000,
"forwardConsolePort": 10089,
"forwardUploadPort": 10091
},
"simulator_screen_size": [
{
"title": "iPhone 3Gs (480x320)",
"width": 480,
"height": 320
},
{
"title": "iPhone 4 (960x640)",
"width": 960,
"height": 640
},
....
]
}
详细解释如下：
"init_cfg"
"isLandscape"
布尔类型
横竖屏配置，如果为true为横屏，如果为false为竖屏
"isWindowTop"
布尔类型
窗口置顶配置，如果为true则窗口默认置顶，反之默认不置顶
"entry"
字符串类型
脚本启动入口文件相对工程根目录的文件路径,如:"src/main.lua"
"name"
字符串类型
工程名,显示在窗口标题中
注:这个参数只在桌面系统下生效
"width"
正整型
窗口宽
注:这个参数只在桌面系统下生效
"height"
正整型
窗口高
注:这个参数只在桌面系统下生效
"consolePort"
正整型
console端口
"uploadPort"
正整形
接收IDE上传文件的端口
"debugPort"
正整型
调试端口
"forwardConsolePort""
正整形
Android ADB 模式调试时，将这个端口映射到 Android 设备的 consolePort 上
"forwardUploadPort""
正整形
Android ADB 模式调试时，将这个端口映射到 Android 设备的 uploadPort 上
注意事项：所有的端口配置都只在桌面平台下生效。
服务器参数配置文件config.json该怎么设置
代码如下：请导入 System.XML命名空间
string file = Server.MapPath(@"~web.config");
XmlDocument xmlDoc = new XmlDocument();
xmlDoc.Load(file);
string s1 = "aaa";
string s2 = "bbb";
string h = "ccc";
string user = "ddd";
string pass = "eee";
XmlNodeList nodeList = null;
nodeList = xmlDoc.SelectSingleNode("configuration//connectionStrings").ChildNodes;
//遍历所有子节点
foreach (XmlNode xn in nodeList)
{
//将子节点类型转换为XmlElement类型
XmlElement xe = xn as XmlElement;
if (xe.Name == "add")
{
if (xe.GetAttribute("name") == "acountConnectionString")
{
xe.SetAttribute("connectionString", s1);
}
if (xe.GetAttribute("name") == "mailaddress")
{
xe.SetAttribute("connectionString", s2);
}
}
}
nodeList = xmlDoc.SelectSingleNode("configuration//system.net//mailSettings//smtp").ChildNodes;
foreach (XmlNode xn in nodeList)
{
//将子节点类型转换为XmlElement类型
XmlElement xe = xn as XmlElement;
if (xe.Name == "network")
{
xe.SetAttribute("host", h);
xe.SetAttribute("userName", user);
xe.SetAttribute("password", pass);
break;
}
}
xmlDoc.Save(file);
但实际上通过代码修改web.config的操作微乎其微
1. web.config的修改可能会导致session等服务器变量的丢失
2. 如果你的页面是发布在IIS下面，要通过页面修改web.config，必须给web.config这个文件添加 Network service (IIS6)或 ASPNET (IIS)用户的写权限，这在实际操作中是不可想象的
微信小程序（上）
注册开发者账号：
安装小程序开发工具：
创建项目
pages目录：用于存放所有的页面。
utils目录：用于存放工具类文件。
app.js：是入口文件，程序在运行时，首先要执行该文件。
app.json：是全局配置文件，用于配置小程序的信息（它里面配置的是全局信息）。
app.wxss：是全局样式文件。全局样式文件里面定义的选择器，在所有的页面中生效。
project.config.json：是项目配置文件。
sitemap.json：是SEO配置文件，方便用户搜索到该小程序。
（1）pages配置项
pages里面注册的是视图。用于指定小程序由哪些页面组成，每一项都对应一个页面的路径（含文件名）信息
（2）window配置项
window 是全局窗口配置。
backgroundTextStyle 设置文本样式（下拉loading的样式），仅支持 dark / light。
navigationBarBackgroundColor 设置导航栏背景。
navigationBarTitleText 设置导航栏文本。
navigationBarTextStyle 设置导航栏标题颜色，仅支持 black / white。
（3）style
style 设置样式级别，默认是v2。
（4）sitemapLocation
sitemapLocation 指明sitemap.json 的位置；默认为 'sitemap.json' 即在 app.json 同级目录下名字的 sitemap.json 文件。
每一个页面由四个文件组成：xxx.wxml文件、xxx.wxss文件、 xxx.js文件和xxx.json文件。
（1）xxx.wxml文件
xxx.wxml文件，就相当于一个html文件。在wxml文件中，不能写传统的html标签，只能写微信提供的组件。
① view组件
相当于div标签。
② text组件
相当于span标签。
③ swiper
swiper是滑块视图容器，它里面只能放swiper-item组件。
swiper组件的常用属性：
circular是衔接滑动
autoplay是自动切换
interval是自动切换时间间隔
indicator-dots是否显示面板指示点
indicator-color指示点颜色
indicator-active-color当前选中的指示点颜色
④ image
image是图片组件，最好全部采用网络图片，因为小程序的总体积不允许超过2MB。
（2）xxx.wxss文件
xxx.wxss文件，就相当于一个css文件。在wxss文件中，最好不要写标签选择器和id选择器，统一写类选择器。
为了让小程序里面的内容在各种设备上能够自适应显示，微信推出了响应式单位：rpx。在iphone6中，2rpx=1px。
（3）xxx.js文件
xxx.js文件，是交互文件（核心文件）。
Page()函数，返回页面对象，该函数需要传一个配置参数，这个配置参数是一个对象。在这个配置对象中，定义当前页面的所有内容。
① data
定义页面的数据。
② 自定义函数
开发者可以添加任意的函数或数据到Object 参数中，在页面的函数中用this可以访问。
（4）xxx.json文件
xxx.json文件，是页面的配置文件（它里面配置的是当前页面信息）。
WXML 中的动态数据均来自对应 Page 的 data。
（1）获取data中数据
通过插值表达式{{}}，可以显示js里面定义的data里面的数据。
（2）组件属性(需要在双引号之内)
（3）运算
可以在{{}} 内进行简单的运算。
① 三元运算
② 逻辑判断
bindtap是触屏事件，其实就是相当于网页中的点击事件。
小程序中bindtap绑定方法时不能传参数。所以组件通过data-xxx传递数据。
注意： 自定义属性的命名用驼峰或者大写命名，小程序内部会自动转成小写。
8、setData()方法
setData()方法，更新页面中数据。页面数据更新后，调用setData()方法重新渲染到页面。
wx:for指令用于循环数组数据，生成组件。
循环出来的每一项通过item返回，每一项对应的索引，通过index返回。
wx:key=""，设置每一项唯一的标识。循环列表时，添加wx:key的好处是，将来列表发生变化时重新渲染列表的损耗为更低。
条件渲染可以使用wx:if或hidden。
一般来说，wx:if 有更高的切换消耗而 hidden 有更高的初始渲染消耗。因此，如果需要频繁切换的情景下，用 hidden 更好，如果在运行时条件不大可能改变则 wx:if 较好。
wx:if用于条件渲染：条件为真生成里面的内容，条件为假不会生成里面的内容。（每次重新生成内容）
也可以用wx:elif 和 wx:else 来添加一个 else 块。
hidden用于条件渲染：条件为真隐藏里面的内容，条件为假显示里面的内容。（每次切换样式）
在app.json文件中添加tabBar节点。tabBar是小程序客户端底部或顶部tab栏的实现。
color：tab上的文字默认颜色，仅支持十六进制颜色。
selectedColor：tab上的文字选中时的颜色，仅支持十六进制颜色。
backgroundColor：tab的背景色，仅支持十六进制颜色。
borderStyle：tabbar上边框的颜色， 仅支持 black / white。
position：tabBar的位置，默认值是: bottom，仅支持 bottom / top。当 position 为 top 时，不显示 icon。
custom：自定义tabBar。
（2）list
list：tab的列表。
list 接受一个数组，只能配置最少 2 个、最多 5 个 tab。
pagePath：页面路径，必须在pages 中先定义。
text：tab 上按钮文字。
iconPath：图片路径，icon 大小限制为 40kb，建议尺寸为 81px * 81px，不支持网络图片。selectedIconPath：选中时的图片路径，icon 大小限制为 40kb，建议尺寸为 81px * 81px，不支持网络图片。
（1）跳转普通页面
方法① navigator组件
方法② navigateTo()方法
navigateTo()方法，用于跳转普通页面。
（2）跳转tabBar页面
方法① navigator组件
如果要使用navigator组件跳转tabBar页面，需要设置open-type="switchTab"。
方法② switchTab()方法
switchTab()方法，用于跳转tabBar页面。
title：提示的标题
content：提示的内容
success：接口调用成功的回调函数。回调函数中的confirm属性返回true，表示点击的是确定按钮，否则是取消按钮。
title：提示的内容
icon：图标
duration：消息提示框的显示时间
mask：是否显示透明蒙层，防止触摸穿透
模块化语法有两种：① commonjs规范，② es6规范。
nodejs环境采用的就是commonjs规范。采用exports 或 module.exports 导出成员，采用require() 导入成员。
微信小程序支持commonjs规范，同时还支持官方的ES6规范。ES6规范采用export 导出成员，采用import 导入成员。
将封装的方法放到util目录下的js文件中。可以新建js文件，也可以写在直接util.js文件中。
（1）确认框方法
定义确认框方法，并导出
（2）消息框方法
定义消息框方法，并导出
（3）获取事件参数的方法
import是ES6的导入语句。
wx对象是微信小程序的全局对象，在任何地方都可以使用。
（1） 注册语句
（2） 在app.js入口文件中导入
注意： 注册给wx对象的方法，需要在app.js文件中导入，才可使用。
（3） 调用方法
wx.方法名(参数)
python中四种配置文件
常用的配置文件后缀是.ini、.conf、.py，当然还有使用.json、.txt的，推荐使用常用的.ini、.py，配置文件的名字一般是config便于理解和使用。
ini配置文件，这类配置文件我们使用内置configparser库来使用，它可以实现配置文件的写入、更新、删除、读取等操作非常方便，建议使用这种方式。
新建一个config.ini的配置文件内容如下，编码格式要是 utf-8 以免出错。：
其中[]中的是section节点，该节点下的等式是option即键=值
然后每一行写一个option ，每个选项就是一个option。直接写名字，后面加 " = " 再加上它的值就行，字符串的表示不要加引号，否则引号也会被解析出来。
可以在配置文件中加入注释 ，但是注释必须是单独的一行，且以 “#” 开头。只是每次运行时不会读入注释，只要运行一次，写入文件后，所有的注释都会消失。
config.json文件
使用python内置的 json 标准库进行解析ini文件。
load() 从json文件中读取json格式数据
loads() 将字符串类型数据转化为json格式数据
dump() 将json格式数据保存到文件
dumps() 将json格式数据保存为字符串类型
TOML的语法广泛地由key = "value"、[节名]、#注释构成。
支持以下数据类型：字符串、整形、浮点型、布尔型、日期时间、数组和图表。
config.toml文件
使用外部库 toml 解析toml文件。
安装：pip install toml
读取文件
安装：
YAML是目前最推荐的配置文件格式。优秀的配置文件标准它几乎都有：
容易阅读和修改，支持注释。
支持丰富的数据类型。
不同格式的明确表达。
yaml使用时需要注意：
yaml强制缩进。虽然不规定具体缩进几个空格，但是同一级的内容要保持相同的缩进。
冒号后面一定要加空格， 否则无法解析。
python解析 yaml 可以使用pyyaml库，操作和标准的文件操作非常类似:
得到的data就是解析后的数据，在python当中，它是一个嵌套的字典：
想获取某一项配置，再通过字典的操作获取：
config.yaml文件
读取
OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）
一、OrthoFinder的安装
使用之前记得查看帮助文档:
二、OrthoFinder的使用
OrthoFinder需要蛋白编码的Fasta（fa）文件作为输入，所以首先我们准备好要比对的物种的蛋白序列（至少要2个），存入一个文件夹。
我这里有9个需要比对的物种的fa文件：
1.典型用法：
其中：
-f 指定蛋白序列所在的文件夹（这里我的文件夹名为orthofinder）
此命令仅需指定输入文件夹，其余为默认参数。
2.进阶用法：
在OrthoFinder中我们可以通过不同的参数指定比对过程中使用的方法和其他参数设置，下面列出常用的几个参数：
常用参数：-t 序列搜索使用的线程数 （默认值为16）
-a 序列分析使用的线程数 （默认值为1）
-M 基因树推断方法（默认为dendroblast）可选：dendroblast ，msa
-S 序列比对使用的程序 （默认为Blast）可选：blast, mmseqs, blast_gz, diamond（推荐使用diamond，比对速度快）
-A 多序列联配方式，该选项仅当 -M msa 选项时才有效（默认为mafft）可选：muscle, mafft
-T 建树方式，该选项仅当 -M msa 选项时才有效 （默认为fasttree）可选：iqtree, raxml-ng, fasttree, raxml
-s 输入特定的根物种树
-I 设定MCL的膨胀系数（默认为1.5）
我做的研究，一般数据较多较大，比对我选择Diamond，建树选择fasttree,多序列比对msa，线程数由于设备限制，设置为16
3.高级用法：
通过上面的参数，我们可以做一个从蛋白序列到同源基因建树的流程，但是仍然有一些参数无法设置，比如建树过程中的bootstrap。这时候，我们就要修改程序的config.json文件。
如果你是用anaconda安装的orthofinder，那么config.json文件在你安装这个软件的conda环境里面的bin文件里：
首先我们打开config.json文件
文件开头介绍了修改方法，你可以添加任何你想在流程中使用的软件，只要按照其格式进行命令修改就行。这里主要说一下对其中缘由参数的修改。
如要修改比对过程中的E-value值，那么在相应比对命令里修改数值，blast_gz 里的 -evalue ，diamond 里的 -e 。
如要在iqtree建树过程中增加bootstrap， 则在iqtree的"cmd_line":中添加
-bb 1000 （iqtree的超快bootstrap）或 -b 1000（传统bootstrap）
raxml-ng类似，你可以添加任何你想修改的参数，大家可以在熟悉各软件的的参数后，根据自己的需求更改。
三、OrthoFinder的结果解读
程序运行结束后，会在你指定的蛋白序列文件夹中生成一个Results_*** 文件夹，其中***是运行日期
(1) Results Files: Orthogroups
对于Orthogroups.GeneCount.tsv的结果，我们可以提取出来
我们选出各个物种中基因数大于0的基因家族，首先看物种1
我们不要第一行，然后看物种1，也就是$2，选出大于0的，然后我们需要的是基因家族编号，也即是第一列
(2) Results Files: Gene Trees and Species Tree
（3）Results Files: Orthogroup Statistics
四： 高级用法
（1）添加新物种到之前的分析（previous_orthofinder_directory指的是包含“SpeciesIDs.txt”的目录）
（2）从之前的分析中移除物种
从输出目录下找到工作目录“WorkingDirectory”中的“SpeciesIDs.txt”文件，在要移除的物种那一行最前面加上一个“#”并保存，然后运行（previous_orthofinder_directory指的是包含“SpeciesIDs.txt”的目录）：
（3）同时添加和删除物种
编辑好“SpeciesIDs.txt”后，运行：
（4）更多高级功能请阅读官方文档，主要包括“Inferring MSA Gene Trees”、并行计算、单独运行BLAST、使用预先计算的BLAST结果以及回归检测。