除了从命令行设置MySQL参数项外，还可以通过将设置写入配置文件来进行设置。 标准MySQL客户端程序在启动时搜索这些配置式，并使用文件中相应的设置项。 通过编写配置文件，可以大大缩短运输时间，因为每次调用程序时都不需要在命令中重新定义参数项。
缺省情况下，MySQL server使用运行时预编译的值作为设置项的值。 如果这些默认值在实际环境中不合适，则可以在运行服务器时提供不同的运行时参数值。
有几个配置项目可以定义MySQL的重要目录和文件位置信息。 例如，在Windows上，默认的预编译安装目录(base directory )是c:(MySQL )。 如果系统在其他位置安装了MySQL，则必须使用--basedir参数设置来通知服务的正确目录位置。 否则，服务将无法启动。 同样，如果未将安装目录下的data子目录用作数据存储目录，则必须使用datadir条目设置来通知服务的正确位置。
某些设置控制MySQL server写入哪些日志。
一些设置用于覆盖服务器中与性能相关的内部变量值，例如用于控制最大并发连接数的设置和用于控制buffer和cache大小的设置。
某些存储引擎在预编译时被启用或禁用。 例如，如果编译了服务程序并启用了InnoDB支持，则缺省情况下将启用。 如果未使用InnoDB表，则可以设置--skip-InnoDB条目以节省内存。 此参数在MySQL 5.7或更高版本中被禁用，因为innodb当前是标准配置。 在此作为例子进行说明)。 也可以设置默认存储引擎并更改设置。
一些配置项目还可以设置InnoDB表空间。 如果未明确放置，也可以根据情况调整这些值，例如--innodb_autoextend_increment、-- innodb_page_size。
通过定义运行时配置项，可以在服务启动时更改性能。 通常，可以通过命令行和配置文件实现此设置。 (例如，如果在窗口服务上运行MySQL服务，则可能无法从命令行进行设置。 启动时必须使用--defaults-file参数条目在配置文件中进行设置。 根据对应版本而不同。 ）
要了解服务器支持的设置，可以手动调用以下命令：
#mysqld----verbose----help
可以在使用mysqld命令时同时设置和使用帮助中显示的设置项。 当然，更常见的是写入配置文件。 这有几个原因。
通过将配置项写入文件，无需在每次启动MySQL服务时在命令中定义配置参数。 这不仅方便，还可以避免因复杂的设置项目过多而导致的输入错误。
如果使用server启动脚本调用服务，则无法将设置项添加到命令中进行启动。 因为此脚本只有参数值start和stop，所以这里不需要使用配置文件设置启动设置。
如果配置文件列出了所需的所有服务配置，则可以从文件中快速轻松地了解设置。
标准MySQL服务器在几个位置搜索配置文件。 使用适当位置的配置式，但如果找不到，服务也将正常启动，并且不会报告错误。 在Windows和Unix上，对应的标准配置文件不同。
在Windows上，程序在目录(例如C:Winodws或C:WinNT目录)中按my.ini、my.cnf的顺序搜索配置式。
在目录中查找的顺序如下。 最上面的文件先读。
注意：如果使用配置向导进行安装，也就是将MySQL server注册为Windows服务，则不会按标准配置文件目录搜索服务，而是在MySQL安装目录下的my.ini文件中搜索服务当然，如果在注册服务时使用--defaults-file指定了配置文件，则服务只查找指定位置的配置文件。 因此，如果需要更改配置，请在服务读取的配置文件中输入设置。
在Unix上检测到两个通用配置文件：/etc/my.cnf和$MYSQL_HOME/my.cnf。 只有在设置了MYSQL_HOME环境变量时，才使用第二个文件。 通常，可以将其设置为MySQL安装目录。 如果在服务启动时未设置此参数，则mysql_safe脚本将尝试在运行时设置此MYSQL_HOME环境变量。 ）
Unix配置文件搜索顺序还包括~/.my.cnf，可以位于当前启动MySQL的用户的主目录中。 但是，该文件是用户特定的文件，因此不太适合作为服务配置参数存储。 通常，当您以root用户--user=mysql调用mysql服务时，服务读取的特定用户配置文件取决于调用该服务的登录用户，并且可能会使用不一致的配置信息。 ）
在目录中查找的顺序如下。 最上面的文件先读。
在配置式中定义服务启动配置项时，使用[mysqld]组。 文件不同时
存在，那么你可以使用编辑器新建一个平文件。建立和修改文件需要对应的写入权限。MySQL服务本身仅需要读取权限即可；它会读取其中信息，但并不会新建或改动文件。以下例子中，我们例举了一些使用配置文件进行设置的方法：
如果在的MySQL安装在Windows上，服务假设默认安装目录为C:mysql且数据子目录名为data。然而你希望将MySQL安装在其它地方，如: E:mysql，你就必须使用 --basedir参数项告知服务对应路径。配置文件中的配置项前不用写双横杠【--】，你如下在配置文件中设置安装目录：
[mysqld]
basedir=E:/mysql
如果你将E:mysql下的data子目录作为数据目录，那basedir值已近足够了。不过如果你希望使用不同的数据目录路径，你就必须设置 --datadir项，如：
[mysqld]
basedir=E:/mysql
datadir=D:/mysql-data
请注意，在这种情况下，你也需要将原数据目录的拷贝到新对应位置D:mysql-data上。如果不这样的话，当启动服务时，由于找不到配置文件对应的数据目录，会导致服务启动失败。
对于配置参数中设置的Windows路径名，你可以使用斜杠【/】或者【\】。例如，定义basedir值为E:mysql，你可以以以下两种格式进行设置:
basedir=E:/mysql
basedir=E:mysql
如果路径名包含空格，你可以用双引号括起来，如：
basedir=” C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6”
在Windows上，默认共享内存(shared-memory)连接方式是未启用的。为了使用此连接方式，使用以下配置项:
[mysqld]
shared-memory
类似，mysqld-nt和mysql-max-nt服务程序都在Windows平台上支持命名管道(named-pipe)连接方式，但它们都并未启用。为了启用这种连接方式，可使用以下配置项:
[mysqld]
enable-named-pipe
为了启用日志，可以使用配置项启用你所希望的类型。以下配置项启用了通用查询日志，二进制日志以及长时间查询日志(以MySQL v5.7版本为例)：
[mysqld]
general-log
log-bin
log-slow-queries
为了定义默认存储引擎为InnoDB，可以使用 --default-storage-engine项：
[mysqld]
default-storage-engine=InnoDB
配置文件中也可设置许多MySQL服务系统变量值。例如，为了将最大客户端连接数从默认151提升至201，并增加MyISAM的键缓存(key cache)从8MB到128MB，你需要设置max_connections和key_buffer_size变量：
[mysqld]
max_connections = 201
key_buffer_size = 134217728
MySQL版本在v5.6.8之前包含有几个模板配置文件。在Windows中，文件名如my-small.ini和my-large.ini。这些被安装时同时建立在安装目录中。在Unix中，它们名为my-small.cnf和my-large.cnf。在my-default.cnf v5.6.8之后，这些文件被my-default.cnf文件代替。
你可以通过拷贝模板文件到标准配置文件路径上，将其文件名修改为指定所用配置文件名。不过在使用模板文件时，你需要确保能读懂文件中的意思，理解其中配置项设置的效果并作出相应修改。
3.5.1使用--safe-updates配置项
配置文件中的配置项按组进行组织，每组配置项前都有一个以中括号括起来的组名(如：[group-name])。通常情况下，组名为所使用配置项对应的程序名。例如, [mysql]和[mysqldump]组对应的配置项被用于mysql和mysqldump命令工具。而特别的组名如[client]则被用于所有客户端程序。一般[client]组被设置连接配置参数，因为不管你使用哪个客户端程序都连接到此相同server上。
在配置文件中进行设置时，请将使用于命令行时的参数前的双横杠去掉。如果配置项设置一个值，可与允许在等号【=】两边有空格，不过在用于命令行时，这是不允许的。以下为一个配置文件例子：
[client]
host = myhost.example.com
compress
[mysql]
safe-updates
[mysqld]
port=3011
注意：除非服务由root用户启动，否则端口号必须为1024或比之更大的值。
在上面这个例子中，[client]组定义了主机名，且设定C/S访问协议需使用压缩模式进行发送。组中的配置项应用于所有标准的客户端。而[mysql]组仅应用于客户端程序mysql。[mysql]组的设置要求了mysql命令应该使用 --safe-updates项。(mysql命令程序将会同时使用[client]和[mysql]组中的配置，因此总共有3个配置项被mysql使用。)
3.5.2配置文件位置
配置文件的位置取决于你的操作系统。标准配置文件如：
在Windows上，一般MySQL会按以下顺序查找配置文件: my.ini和cnf。而MSI安装精灵会将配置文件放置在服务注册设定时所指定的位置下)。
在Unix平台上，文件/etc/my.cnf将作为全局配置文件被所有用户使用。你也可以在你的HOME目录中建立用户自己定义的cnf文件。如果两个都存在，全局文件会被先读取。
当然，MySQL的命令行程序会在查找$HOME目录下的配置文件前，先在$MYSQL_HOME目录下查找配置文件(例如，../MySQL Server 5.6)。
MySQL(客户端)程序也可以对多个配置文件进行访问。程序会查找每个标准配置文件并在文件存在时进行读取。如果文件不存在也不会报错。
如果需要使用某个配置文件，你可以使用编辑器建立一个平文件进行编辑。
为了建立或修改此文件，你必须有相应的写权限。客户端程序仅需读权限即可。
为了告知程序读取指定的配置文件，使用命令行启动时可使用以下参数项(在命令中必须是第一个参数项)：
配置项
注释
--defaults-file=file_name
使用指定位置的配置文件
--defaults-extra-file=file_name
使用指定位置的额外配置文件
--no-defaults
使程序不使用配置文件
例如，使用mysql工具命令时使用C:my-opts配置文件而不使用标准配置文件：
shell> mysql -–defaults-file=C:my-opts
在配置文件中，你还可以使用 !include和 !includedir指令：
如果某行中出现 !include file_name，那就会从这句指令开始跳转到对应file_name进行读取，读完后再调回原先的配置文件继续之前的读取。
如果某行中出现 !includedir dir_name，那么类似的会从这句指令开始跳转到对应dir_name目录并查找尾缀为.cnf的文件(Windows平台上为.cnf和.ini)进行配置读取，在读完后回到之前跳出的配置文件完成余下的读取工作。
如果一个配置项被定义多次，不管是在同一个文件中还是在不同的多个配置文件中，配置项的值取最后设置的那个。
注意：在命令行中设置的配置项会最终覆盖配置文件读取的配置项的值。