作者:生信
资料来源:简本
准备数据,用最简单最粗暴的方法从excel复制,
此时,该基因发布现行列已保存在电脑剪贴板中,返回r语言运行环境进行输入。 (请注意,如果要直接复制以下行中的代码,则在复制代码的同时剪贴板中的内容将被替换。 在这种情况下,粘贴代码后不要换行,请暂时返回Excel重新复制当前发行列。 ) ) ) ) ) ) ) ) ) 652
请注意所有的文字都是外语。 如果是错误的,请注意横杆在复制代码时是否被转码成中文。 自己输入就没问题了。
此时,只需第三行代码即可输出可见的热图PheatMap(exp )
一般来说,需要对基因进行标准化的Pheatmap(exp,scale='row ' )
列的顺序是时间序列,不应该对pheatmap(exp,scale='row ',cluster_cols=F )进行聚类
配色似乎也不漂亮。 pheatmap(exp,scale='row ',cluster_cols=F,color=colorramppalette(c ) ' navy ',' white ',' firebalette )
差不多了,剩下的就看自己的造化了
我差点忘了保存照片
可以保存为各种形式的图像
写在这里
因为花了一个多小时写了这个,所以我相信应该会让零度基点朋友制作能用r语言读取的热图。 pheatmap的功能还不错。 出了几个不错的热图。 细节可以调整。 也许正是操作的灵活性、修改的容易性,才是用代码绘制的方便之处。 用r语言绘制的话,基础是掌握r语言。 这样,可以得到更好的r、更漂亮的图。
r学习语言,还是需要时间的。 具体来说,以后可能会写r学习的个人经验。
当然,假期已经结束了。 今天回学校做了课题。 如果以后可以抽出时间,r语言创建热图可能至少会提供另一个使用pheatmap的详细信息。 毕竟,需要更多的操作才能得到的热图。
附加最后使用的代码库(pheatmap )。 剪贴板需要表达矩阵Exp
是PheatMap(exp )
pheatmap(exp,scale='row ' ) )。
pheatmap(exp,scale='row ',cluster_cols=F ) )。
pheatmap(exp,scale='row ',cluster_cols=F,color=colorramppalette(c ) ' navy ',' white ',' firebrick3)