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ImageJ系列最新教程
ImageJ (官网： https://imagej.nih.gov/ij/) )是美国国家航空(nationalInstitutesofHealth ) )开发的免费开源公共图像处理软件，在生物和医学图像分析中，
在我们以前的分享中，利用ImageJ分享了荧光共定位、细胞计数、免疫组织化学定量、轨迹跟踪、线粒体形态学测量等使用教程，需要的伙伴可以在期限前看到。
实时工作站和共焦显微镜可以轻松获得实时、原位、动态时间序列图像和视频。 今天，我将向大家展示使用ImageJ分析时间序列图像。
下图为ELIFE(if=7.616 )中记录的时间相关的钙图像，横轴为时间纵轴为钙信号，反映了不同时间点的钙信号的动态变化。
分析步骤
1 .打开分析对象时间序列图像
1.1打开视频文件
打开ImageJ软件，打开. avi格式的时序视频，进入AVIReader界面。
这个样本视频一共120帧，视频的时间范围为0到119分钟。 所有帧都从第一帧导入到最后一帧。 Flip Vertical在打开视频时垂直翻转。 选择Use Virtual Stacke，然后单击OK以打开视频。
当前显示的是视频中第65帧的120帧，对应时间为64分钟。
标尺为20m，可以进行修正标尺的操作。 单击“Straight”工具
，按下Shift键在标尺上画出线条Analyze，Set Scale，在已知距离上画20 m，如果选择Global，则修改标尺对这次打开的所有图像都有效。
1.2打开时间序列图像
打开ImageJ软件、文件、导入和图像序列，然后打开图像序列之一。
图像序列共有45张“图像编号”(Number of images )导入数据。 从第一张图像导入(Starting image； ncrement为1，表示放大率为1，不跳过图像。 Sort names numerically是按数字顺序排列的，请单击OK。
2 .选择要分析的ROI
在ImageJ软件插件菜单中单击Time Series Analyzer插件时，会自动弹出
时间系列分析器插件和ROI管理器界面：
假设目的是观察样本视频不同地方的荧光强度随时间变化，则需要首先选定要观察的感兴趣区域——ROI，即Elife文献中不同颜色、大小相同的圆。
使用ImageJ软件椭圆工具
按下Shift键可以画正圆。 单击ROI管理器的添加或快捷键t以添加ROI。
选择第一个ROI
，用鼠标将ROI拖动到另一个目标位置，然后单击ROI管理器的添加或快捷键t添加ROI，可以获得不同的位置和完全相同的ROI大小。 如果选中Show all和Label，则会显示当前的所有ROI，即序列号。
3 .分析时间序列图像的强度变化
选择ROI-1，然后在Time Series Analyzer插件中单击“获取平均值”。
src="https://p6.toutiaoimg.com/origin/pgc-image/RPTp0o4CsDxpsj?from=pc">即可得到120分钟内ROI-1荧光强度的变化，左边得到的数据可以导出重新绘图，右边为软件自动绘制的随时间变化荧光强度变化图：
同样的方法获得其他ROI的荧光强度变化。
4. 数据绘图
将导出的3个ROI的数据汇总至一个Excel表格中，A列为时间，B、C、D列分别为酶帧该ROI对应的荧光强度值：
Excel表格选中各列，插入图形：
Excel表格中Easycahrts插件（http://easychart.github.io/post/book/）可以很方便的更改图片的风格：
Easycahrts插件可以绘制诸多精美的图片，例如：
感兴趣的小伙伴可以自己去学习Easycahrts插件绘图，http://easychart.github.io/post/book/ 可以下载Easycahrts插件与案例：
扩展
Excel绘制气泡图能否导出高分辨率图片？
Excel可以导出高分辨率图片。XL_Toolbox_6.60插件可以帮助我们在Excel表格里面导出高清图片。下图是用Excel作好的多数据散点图，我将使用XL_Toolbox_6.60工具的Export给你导出高分辨的图片。
首先必须安装XL_Toolbox_6.60工具，安装后在Excel表格中就可以看见该插件。
选择图片后点击Export，选择最后一项Export forpublication
弹出以下窗口，选择导出格式，导出分辨率，图片的长和宽以及图片模式即可。
回顾
类似的ImageJ动态图像分析还有运动轨迹追踪，感兴趣的小伙伴可以在往期中查询：
今天ImageJ分析时间序列图像就给大家这里了，希望对大家有所帮助！
参考文献：
Wen, H., Hubbard, J. M., Rakela, B., Linhoff, M. W., Mandel, G., & Brehm, P. (2013). Synchronous and asynchronous modes of synaptic transmission utilize different calcium sources. ELife, 2. https://doi.org/10.7554/elife.01206
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