制造执行系统的体系结构是指多智能体系统中智能体之间的信息关系和控制关系，以及问题解决能力的分布模式。它是结构和控制的有机结合，是提供代理活动和交互的框架。MES的结构通过定义代理之间的权威关系，为代理提供了一个交互框架。它的选择不仅影响单个Agent的内部协作智能，而且影响MES系统中的异步、一致、自治和适应性程度，从而影响整个系统的性能。从运行控制的角度来看，MAS的架构可以有三种形式：集中式、分布式和混合式。
制造执行系统结构：
集中式结构：
系统分为若干组，每组采用集中管理，即每个Agent提供一个具有全局知识的控制Agent，实现MES协作的局部控制，如任务规划和分配，由一个消息传递Agent承担消息传递任务，而整个系统以同样的方式管理每个成员Agent组。集中化可以保持系统内部信息的一致性，更容易实现系统的管理、控制和调度。这种方法的缺点是随着各个Agent的复杂性和动态性的增加，控制的瓶颈问题越来越突出。一旦控制本地或全局区域的管理代理崩溃，将导致整个区域或系统崩溃。
分布式结构：
代理组之间和组内代理之间以及组内代理之间或组内代理之间的周围环境、自身状况和当前数据存在分布式结构。这种结构可以有多个中介服务组织，在代理成员寻求合作伙伴时为其提供服务。这种结构的优点是增加了灵活性和稳定性，可以缓解控制的瓶颈问题。缺点是每个Agent组或Agent的操作受到局部和不完全信息的限制，难以实现全局一致的行为。
混合结构：
一般由集中式和分布式结构组成，包括一个或多个管理服务机构。这个代理只是以某种方式管理Agen的部分成员，参与解决代理之间的任务划分和分配、共享资源的分配和管理、冲突的协调等。其他成员都是平等的，他们所有的行为都是自己决定的。这种结构平衡了集中式和分布式两种结构的优缺点，适应了分布式MES复杂开放的特点，是目前MES普遍采用的系统结构。