棕色大熊猫，是一种极其罕见的大熊猫变种个体，大熊猫身上通常生长黑色毛的部位变成了棕褐色。截止目前为止，有科学记载以来，世界上一共仅发现过五只棕色大熊猫，发现地点均为大熊猫重要栖息地之一的陕西秦岭山脉核心地区。目前唯一现存的棕色大熊猫名叫“七仔”，于2009年被发现。
科学家对这种变异现象有以下几种推测：
第一种：认为棕色大熊猫的出现可能是由于影响毛发色素合成的微量元素，在秦岭地区的土壤、水源中含量异常，因而影响它们的毛发中的黑色素的合成。但如果是这个原因，该地区所产的大熊猫种群中似乎应该有从黑色到棕色变化的各种毛色的中间类型，但迄今为止尚未发现这样的居间类型。
第二种：认为棕色的体毛是由于基因突变所引起的，但在自然界由于基因突变而影响毛色的现象出现的概率很低。
第三种：认为不同色的体毛是很多动物的一种原始性状的表现，所以棕色大熊猫很可能是它们的一种返祖现象。
第四种：认为这是一种隐性基因纯合的结果，假设体毛的颜色由一对基因来控制，则控制棕色体毛的基因为隐性，只有当亲本双方同时携带有这种基因的时候，它们的子一代才可能出现隐性基因纯合，从而生长出棕色的体毛。
第四种解释虽然比较准确，但由于人们掌握的有关资料还很少，所以要揭开棕色大熊猫之谜，还有待于进一步的研究。此外，大熊猫变异种除了棕色大熊猫，还有一个品种是白色大熊猫。在陕西秦岭佛坪自然保护区内也有五次发现过白色大熊猫的踪迹。除眼圈、四肢下部外，白色大熊猫从耳朵、肩胛到整个胸脯均为白色。
棕色大熊猫、白色大熊猫都是在陕西秦岭地区被发现，并且同属于大熊猫的秦岭亚种（即秦岭大熊猫）。秦岭大熊猫是大熊猫的重要种群，具有独特的分布格局和种群进化史。在形态学和分子生物学等特征方面，秦岭大熊猫与四川、甘肃的大熊猫之间有着明显差异，是大熊猫的一个独立亚种，被命名为大熊猫秦岭亚种。
通过头骨对比，四川亚种头大牙齿小，秦岭亚种头小牙齿大；四川亚种头长近似熊，秦岭亚种头圆更像猫。两者的毛色差异也很突出，四川亚种胸部为深黑色，腹部为白色，下腹部毛尖黑色，毛干为白色；而秦岭亚种胸部为深棕色，腹部为棕色，下腹部毛尖棕色，毛干为白色。
