1868年，蔡元培出生在浙江绍兴，蔡家相当富裕，祖上都是当地著名的商人。他六岁开始进书塾，不久父亲便去世，好在有六叔蔡铭恩指导他学习，为他后来的知识储备打下了扎实的基础。
1889年，蔡元培赴杭赶考，考中了举人，也在这一年，蔡元培迎娶了他的第一位夫人王昭。第二年，他前往北京参加会试，顺利进入了翰林院担任庶吉士的官职。按理说新任翰林应该是件高兴的事情，但身在腐败的朝廷中，让满腔爱国热情的蔡元培倍感苦恼，加上甲午战争失败，签订了丧权辱国的《马关条约》，他为此更加悲愤交加。于是他逐渐摆脱了传统思想的束缚，开始接受西方新思想。接下来百日维新的失败，蔡元培对清政府不再抱有希望，他毅然辞职回绍兴老家，担任了绍兴中西学堂的校长，实行新式教育，然而在这所学校中的守旧派势力对他的改革加以干涉，蔡元培又一次辞职。
1901年，蔡元培奔赴上海担任南洋公学（上海交通大学前身）的教师，这时蔡元培的妻子王昭已经因病去世，因此，大量的爱心群众纷纷为他介绍对象，蔡元培不堪骚扰，于是在门口贴了一张娶妻标准：第一不缠足的女性；第二识字的；第三男子不得娶妾、姨太太；第四如果丈夫先死，那么妻子可以改嫁；第五意见不合可以离婚。这五点对于当时来说简直是惊世骇俗，说媒的人几乎全吓跑了。上海相比其他小城市而言，最不缺乏有学识的女子，其中，黄仲玉就是其中一个，她就是被这五点标准所吸引，两人在朋友的撮合下，很快就结婚了。1902年元旦，蔡元培和黄仲玉在杭州举行了婚礼，这次婚礼不再是中国的传统式婚礼，而是西方的新式婚礼。
婚后不久，蔡元培去日本游历，他认为中日最大的差距就是在教育上，回国后开始谈革命，剪辫子，拖长袍，留德期间为国内编写教材，翻译德文著作，在这样的一个忙碌又有压力的工作环境下，他由一个接受中国传统教育变成一个精通西方教育渊源的教育者。
1911年，辛亥革命爆发以后，蔡元培返回上海。1912年，他被任命为南京临时政府教育总长，此时的蔡元培主张传统儒学教育实施实行新式教育，正准备对教育实行大刀阔斧的改革，但遗憾的是，南京临时政府很快就宣布解散。北洋政府继续任命蔡元培为教育总长，在任期间，蔡元培消除陋习，为教育部做出了贡献。没过多久，蔡元培主动辞去了教育总长的职务。
1912年，蔡元培带着家眷再次前往德国留学，第二年3月，国民党领袖人物宋教仁遭暗杀，蔡元培非常愤怒，全力支持孙先生发动的二次革命，二次革命失败之后，蔡元培又前往法国考察。在法国期间，蔡元培和法国的各界人士组织了华法教育会，主要主持国内的有志青年前往法国以半工半读的方式留学，很多青年正是通过这个活动才得以前往法国，在那里了解到了马克思主义，这对我们后面的发展产生了深远的影响。
1916年12月26日，蔡元培出任北京大学校长，这时候他已经49岁了，北京大学前身是京师大学堂，民国成立后，京师大学堂改称北京大学，学生迅速增加到1500人，在这个时代受到清王朝教育腐败的影响，学校教育水平极差，很多老师通过后门进来，就是为了拿一份国家的薪水，除了这个，学校风气也不好，在学校喝酒闹事大打出手的也很多，所以这种风气难以解决，只能连续更换校长。蔡元培赴任之前，一些朋友都劝他不要去，但孙先生却劝蔡元培迎难而上，蔡元培听后，毅然前往上任，他不仅对北大领导体制的改革、学制的设置，还倡导平民教育，首次男女同校，引进了最好的师资力量，诸如李大钊、陈独秀、鲁迅、刘半农、胡适、梁漱溟、辜鸿铭等人纷纷加入北大。
在蔡元培上任的时代，大师云集，人才辈出，在他的带领下，北京大学在短短几年内成为中国高等学府。当时的北大已经是最接近西方教育模式的大学，让北大的青年学生更加向往民主和科学，更加爱国，为后来的“五四运动”的爆发奠定了基础。
1923年，担任北大校长七年之后，蔡元培因抗议教育总长提出辞职，这时蔡元培的第二任妻子黄仲玉已经去世三年了，蔡元培又再次恢复单身。当时他已经54岁了，在朋友的劝说下，蔡元培和周峻结婚。
1932年，蔡元培与宋庆龄、鲁迅开展了抗日的爱国运动，为抗日大业做出了大量的贡献。1940年蔡元培病逝于香港，老蒋在重庆主持公祭，延安也举行了追悼会。
毛主席称颂蔡元培为“学界泰斗，人世楷模”，这也是对一代教育家公正的评价。