根据《明史》的记载“终明之日，为直隶者二，曰京师，曰南京。为布政使司十三：曰山东、曰山西、曰河南、曰陕西、曰四川、曰湖广、曰浙江、曰江西、曰福建、曰广东、曰广西、曰云南、曰贵州。其分统之府百有四十，州百九十有三，县千一百三十有八，羁縻之府十有九，州四十有十，县六”。南京是当时明初建国的首都，尽管后来朱棣迁都北京，南京也是留都。
南京城有四重城垣结构，分别是宫城、皇城、京城、外郭城，京城城墙达到35公里，外郭城超过60公里，是当时世界第一大城。
图1：明南京城图
宫城：
宫城是皇帝起居、办理朝政、接受中外使臣朝见以及皇室成员居住之地。
图2：南京城皇宫
图3：南京故宫卫星复原图
从图上可以知道，宫城接近正方形，有四个城门，分别是：南门午门、西门西华门、东门东华门、北门玄武门，另外宫城依据《礼记》古制，设置“五门三殿”，从南向北依次为洪武门、承天门、瑞门、午门、奉天门，五门刚好在社稷坛和太庙的中间，五门之后，建有奉天殿、华盖殿、谨身殿三大正殿。
图4：南京皇城宫城复原图
皇城：
为了护卫宫城，皇城城垣环绕宫城。从图6可以看出皇城有7座城门，分别为：洪武门、长安左门、长安右门、承天门、东安门、西安门、北安门。从洪武门到承天门为千步廊，千步廊的后面为五军都督府、太常寺、宗人府、五部的官署。在午门、承天门之间，建端门以及端门和承天门楼各五间，端门两旁的御道东西两侧，建有南北向的宫墙，把太庙、社稷坛隔在外头。
宦官诸监所在地在皇城西南角。
图5：黄色部分为宫城和皇城
图6：南京皇城宫城复原图
京城：
因地制宜，根据山川、河流、湖泊的形势建造京城的城墙。长35.267千米，围合面积55平方千米，城高14-26米，城宽7-30米[1]，有城门13座。
图7：该图最外侧为南京城城墙
13座城门分别为：正阳门、通济门、聚宝门、三山门、石城门、清凉门、定淮门、仪凤门、钟阜门、金川门、神策门、太平门、朝阳门。
外郭：
有城门18座：栅栏门、江东门、驯象门、小驯象门、安德门、小安德门、凤台门、夹岗门、上坊门、高桥门、沧波门、麒麟门、仙鹤门、姚坊门、观音门、佛宁门、上元门、外金川门。[2]
图8：南京城外郭城
繁荣的城市
图9：南都繁会图1
图10：南都繁会图2
这是明朝人仇英画的《南都繁会图》，图中图上人烟稠密，店铺林立，农田、城镇、寺庙、桥梁应有尽有，广告牌数不胜数，各行各业生机勃勃，秦淮河中有各种船只，有唱戏的，有运粮的......
人口：
明初时，朱元璋为繁荣南京城，从其他地方迁移人口至南京，之后人口一直增长，到嘉靖时期已达120万人口。万历时期，又改革坊厢制和铺户制，使得百姓的负担减轻，人口应该继续有所增长。
商业：
明朝南京的市场商业贸易非常发达，明初的时候就建有十三个市场：大市、大中街市、三 山 街市 、新桥 市、来宾街市、龙江市、江东市、北门桥市、长安市、内桥市、六畜场、一市、上中一下塌场、新鞋夹，那时市场已经分门别类，井井有条，主要分为三大类：市集贸易、铺户贸易、贩运贸易，市集贸易又分为：鱼菜、竹木柴薪、羊只等......
手工业：
织造业、造酒业、染洗颜料业、木工业、造船业也十分发达，郑和下西洋的宝船就是在南京城的龙江宝船厂（今南京市鼓楼区三汊河附近）。
图11：龙江宝船厂遗址
军事：
明廷在南京城中的通济门和正阳门外、秦淮河以南设置大、小教场、四十八卫和神机营，这样步兵可以在这里训练，水军在新江口操练战船，神机营演放火器，训练相当频繁，只有雨天才停止。只是后来承平日久，弊病渐生，到明末时再也不复明初盛景了。
小结：“古老明城醉碧空，白云踏早乘秋风。瑶章雅韵扬华夏，妙笔行書养眼瞳。一曲琴声惊客起，二篇唐赋玉音洪。回听六百苍桑史，多少枭雄瓦砾中?”
曾经的南京是那样的繁荣富庶，那样的意气风发，它见证了大明的光辉灿烂，也见证了大明的落寞迟暮，不知道那个在南京城墙挥斥方遒，平友谅，讨士诚，灭大元的朱元璋会不会想到他的后代也是在这里一箭不发就狼狈地掏出南京呢？