听说剧透会被人打的哈哈哈
12战栗的乐谱
不久之前发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔创建的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件。而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。
13漆黑的追踪者
以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。"那辆车……难道是，琴酒的?""黑衣组织"中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了。危机一触即发。如果让琴酒知道工藤新一还活着的话，不仅会危及新一，还有柯南身边的人。意识到事情危险性的柯南独自开始调查。
14天空的遇难船
针对以全世界珍贵宝石为目标的怪盗基德，燃烧着对决的执念的大富豪·铃木次郎吉发出了挑战书:有本事就来盗取世界上最大的飞艇铃木号中收藏的宝石"天空的贵妇"吧。时间限制为东京⇔大阪间的6个小时。被次郎吉招待的小五郎、小兰、柯南、少年侦探团的孩子们也乘上飞艇。以天空为舞台的头脑战就此揭幕。就在此时，神秘组织"红色暹罗猫"袭击了飞艇。
15第11个前锋
毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了。"蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……"若不能根据犯人寄来的挑战书解读神秘暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。而正当柯南与灰原哀和少年侦探团一起、沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中的时候，得知了威胁电话的事情，为了解读暗号柯南独自一人离开了球场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。
16绝海的侦探
映着朝霞的海面上，漂浮着装有炸弹的神秘可疑船只。那艘船是一切的开端。京都舞鹤港海域。海上自卫队举行宝贵的宙斯盾舰航海体验。柯南、小兰、小五郎、少年侦探团一行人享受着用电子武装的高科技军舰施展的大震撼力。然而突然，响起轰鸣声，舰内空气流动不稳。不久，发现了没有左臂的遗体。那里，留下了一些疑点。着手调查的柯南，得知舰上乘上了某国的间谍"X"。这次航海中，隐藏着远超想象的足以颠覆整个日本的巨大阴谋。
17异次元的狙击手
以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。"从那么远的距离进行狙击，难道说……"柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI(美国联邦调查局)也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队"海豹突击队"的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步。与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来。
18业火的向日葵
曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和小兰也关注了新闻转播。次郎吉打算召集通称为"七武士"的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。在下一个瞬间，高中生侦探工藤新一的身影在骚动的会场中现身了，他自称是由于听说了基德的传闻才前来的。而在数日之后，搭载着《向日葵》的客机飞行在前往日本的高空中时，再次遭到白色影子的袭击。围绕着独一无二的至宝，谎言与真实纷繁交错的艺术之谜开幕。
19纯黑的噩梦
某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6(军情六处)、德国的BND(德国联邦情报局)、美国的CIA(美国中央情报局)等各国情报机关，甚至FBI的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看，她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的"双色瞳"。可是，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动。而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。随后贝尔摩德拿出了消音器，对着身上的通信器说道，"计划很顺利哦，琴酒。"
20唐红的恋歌
大阪的地标--日卖电视台突然发生了爆炸案。此时，台内正进行由日本百人一首协会带头的"皋月会"举办的皋月杯的发布会的录制。突发的事态引发了大恐慌。从轰隆作响的即将崩塌的大楼中，关西名侦探服部平次和他的青梅竹马·远山和叶两人被千钧一发之际赶到的柯南平安救出。案件如恐怖袭击一般，然而犯人的目的无人知晓，甚至连犯罪声明都没有出现的无法理解的状况令柯南和平次不禁感到蹊跷。在此番骚动中，柯南等人与坚称是平次的未婚妻的女子相遇。她的名字是大冈红叶。声称"平次是年幼时被求婚的命中注定之人"的红叶，竟然是百人一首的高中生冠军，是被称为未来的女王的存在。与此同时，在京都岚山的日本民宅内，发生了皋月杯冠军遭杀害的案件。那时，在杀人现场的显示器中映现的，是红叶的身影。
21零的执行人
东京湾的新设施"Edge of Ocean"(大洋边缘)成为东京峰会召开地。在峰会召开的5月1日，会有2万2千名警察出动。这样的超巨大设施，某天突然发生了大规模爆炸案!那里，有从属于指挥全国公安警察、俗称为"零"的警察厅秘密组织的安室透的身影。在峰会当天没有发生，而是在事前发生的爆炸案，以及秘密暗中出动的安室的无法理解的行动令柯南不禁感到蹊跷。现场留下的作为证据的指纹，与曾在警视厅就职的毛利小五郎的指纹一致!这是什么样的阴谋。柯南与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对。神秘的存在--安室透，究竟是敌人，还是伙伴?"绝密任务"的倒计时，已经开始向"那个时候"转动起来了……