利用杂交优势，培育出农作物的优良品种，一代又一代的农科人员用了毕生精力，不断的进行优选，才使得农作物的产量不断提高，品质越来越好。但杂交过程非常繁复，如水稻这种自花授粉植物，必须在授粉前将雌雄蕊分开并进行异花授粉。在自然界的奥秘在完全弄清以前，杂交的成功率很低，也可能有的农科人员一辈子的辛勤劳动都没有育成一个广泛推广的优良品种。很多杂交品种的退化速度很快，几代以后，杂交优势就不再存在。即使好的杂交品种，也还需要不断的提纯复壮，所以需要建立良种场来做这项专业性很强的工作。
袁隆平的重大贡献在于开辟了一条杂交水稻的蹊径，使得进入大田生产的杂交品种都是第二代的杂交品种，因此能取得大田生产的优质高产。这在使用常规方法育种的品种来说，是根本不可能的，因为常规杂交育种第一代可能只有几粒种子，到能够进行小规模扩种试验已经几代过去了。
袁隆平的杂交水稻的第一步，是找到了自然界里的单株雄性不育稻，这已经是不容易的事了，更困难的还在后面：如何使得这株水稻的后代继续保持雄性不育（即雄蕊完全退化，只保留了雌蕊）；还能同时找到使雄性不育水稻的后代恢复正常的雄蕊，并且得到优质高产的后代。
经过长期的艰苦努力，袁隆平和他的团队终于取得了史无前例的成果，三系杂交水稻产量不断刷新纪录，为人类做出了贡献。
从杂交水稻的培育过程来看，只要稍微有点头脑的人就能看出和转基因水稻根本就是风马牛。近来网上竟然刮起一股否定袁隆平、否定杂交水稻的歪风，以为把转基因水稻的帽子扣到袁隆平的杂交水稻的头上，就能否定袁隆平，这是非常幼稚的事。