上海轨道交通9号线由上海地铁第一运营有限公司负责运营管理。 其投资建设和运营的责任主体是上海申通地铁集团有限公司。
上海轨道交通9号线遵照上海地铁实行的管理条例，共有四款，为《上海市轨道交通管理条例》《上海市公共交通车辆、车站广告设置暂行规定》《上海市人民政府关于严禁携带易燃易爆危险品乘坐公共交通工具的通告》《上海市轨道交通运营安全管理办法》
上海轨道交通9号线按照市物价主管部门批复的轨道交通网络票价体系，即：轨道交通实行按里程计价的多级票价，0~6公里3元，6公里之后每10公里增加1元。9号线票价计算采用最短路径法，即：当两个站点之间有超过1条换乘路径时，选取里程最短的一条路径作为两站间票价计算依据。
上海轨道交通9号线参与上海轨道交通的各种优惠票价措施，包括公交轨道联乘优惠、公共交通卡地铁乘坐满70元累积优惠、出站换乘票价连续计算。
除了单程票和上海公共交通卡以外，上海轨道交通9号线亦接收各类特殊票卡，包括一日票、三日票、纪念票、手机卡、磁浮地铁一票通。