本站B,D,E,F,G,I出口所来在大堂非付费区位于自林和中路广州火车东站大楼下，H,J出口所在大堂非收费区则位于广园快速路旁，两个非付费区并不相连。需要从林和路前往广园快速路(或从广园快速路前往广州火车东站)的非乘车乘客就需要另外购买一张2元单程票或从羊城通中扣除1.9元过道。该问题引致市民诸多垢病。随着政府公布下穿广州火车东站的林和中路行车隧道及行人隧道将于2009年底开通，过道乘客有望不经地铁付费通道横穿广州火车东站大楼。另外，本站位于广园快速路西行人行道上预留的K出口亦由于迟迟未能开通，引致居住干休所一带居民批评。地铁公司解释出口未能开通乃多方部门协调不通所致。
火车东站地理位置图
