林场站、星火路站、东大成贤学院站、泰冯路站、天润城站、柳洲东路站、上元门站、五塘广场站、小市站、南京站、南京林业大学·新庄站、鸡鸣寺站、华海3C广场·浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、武定门站、雨花门站、卡子门站、大明路站、明发广场站、南京南站。
宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、九龙湖站、诚信大道站、东大九龙湖校区站、秣周东路站。地铁3号线途经浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，线路北起江北新区的林场站，下穿长江进入主城一路南下，进入东山副城，南至秣周东路站。
(1)南京地铁三号扩展阅读：
南京地铁3号线自京沪普铁林场站，沿原规划京沪高速铁路北线方案南行，上跨宁合公路后，于泰冯路站与地铁S8号线交叉换乘。线路南下穿长江到上元门后，沿中央北路布置，至南京火车站与地铁1、6号线换乘。过南京站后线路南拐。
先后下穿沪宁城际铁路、京沪普铁、新庄立交桥、玄武湖，过北京东路后，沿太平北路、太平南路南行；穿夫子庙后沿江宁路、土城头路布设，穿过卡子门立交桥后，线路沿宁溧公路南行，于丁墙路以南，欧倍得超市与麦德隆商场间向西转。
垂直穿过京沪高速铁路，并结合高速铁路客站设本线南京南站，之后线路进入江宁区利源北路、利源中路和苏源大道南行，在九龙湖广场向东折行，沿清水亭西路布设，过九龙湖站后向南折行，沿双龙大道布设，至双龙大道与秣周东路交叉路口设终点站。