2007年12月29日，上海地铁9号线一期工程（松江新城站至桂林路站）开通运营，由于线路脱网运营，桂林路站至宜山路站区间采用地面公交免费接驳。
2008年12月28日，上海地铁9号线一期遗留段（桂林路站至宜山路站）开通运营，桂林路站至宜山路站区间短驳公交同时取消，上海地铁9号线接入上海地铁网。
2009年12月31日，上海地铁9号线二期工程（宜山路站至世纪大道站）开通运营。
2010年4月7日，上海地铁9号线徐家汇站与上海地铁1号线实现站内换乘，二期工程遗留站杨高中路站投入使用。
2012年12月28日，上海地铁9号线三期南延伸段工程（松江新城站至松江南站）开通运营。
2014年9月26日，上海地铁9号线三期东延伸段（杨高中路站至曹路站）开工建设。
2016年12月16日，上海地铁第4000辆列车暨上海地铁9号线三期首列0954号车抵达上海。
2017年12月30日，上海地铁9号线三期东延伸段（杨高中路站至曹路站）开通运营。
2020年1月25日至1月29日，上海地铁9号线松江南站站至松江新城站上行（往松江新城方向）单向隧道临时停运整修施工，下行隧道采用单线双向方式运营。