参与北京地铁设计的设计院可多了去了，除了楼主列出的，以下是我知道内的：
铁道第一勘察设计容院、
铁道第五勘察设计院、
中铁工程设计院有限公司、
北京全路通信信号研究设计院、
地铁建筑设计院。
另外还有：
市文物局、市轨指办、市地震局、市地勘局、市基础设施投资公司、市轨道交通建设管理公司、市规划院，等等。
补充答案：
上面列出的单位，都参与了北京地铁的直接设计。当然，市文物局、市轨指办、市地震局、市地勘局、市基础设施投资公司、市轨道交通建设管理公司、市规划院等单位，很多是在理念上参与了设计。
前面列出的铁道第一勘察设计院、铁道第五勘察设计院、中铁工程设计院有限公司、北京全路通信信号研究设计院、地铁建筑设计院，等等，都是北京地铁的直接设计单位。