2010年12月14号上午9点左右，深圳地铁国贸站第一层月台通往站厅之间的一部OTIS扶手电梯（此电梯2011年期间一直是全国关注的问题电梯），在上行时突然逆行，电梯上的乘客没站稳，纷纷滚下电梯摔到地上，事故导致25人送医院救治。
根据深圳市地铁集团的现场初步勘验，故障扶梯的主机固定螺栓松脱，其中一个被切断，使主机支座移位，造成驱动链条脱离链轮，上行的扶梯在乘客重量的作用下下滑，导致乘客多人受伤。地铁集团于14日当晚连夜安排扶梯维保商对地铁同类扶梯逐一进行了针对性的检查，防止同类事件再次发生。 2012年9月5日，深圳地铁发生有史以来最严重的停运事故。受供电网络中断影响，深圳地铁龙华线民乐至福田口岸段于当日下午1时37分瘫痪，至当晚7时45分恢复运行时，停摆超过6小时。在民乐站，港铁公司安排了十几辆“地铁应急”公交车接驳乘客返回市区。深圳地铁龙华线深圳北站至上梅林上行区段5日13时37分发生接触网故障跳闸。事故造成该线路停运6个半小时，至20时04分恢复通行。
事故发生后，14时01分，负责运营的港铁公司向轨道交通应急指挥协调中心（TCC）申请启动公交接驳，沿线各站相继封闭，避免乘客涌入。 深圳市及时通过各种渠道发布相关信息，深圳电视台1至7套（深圳卫视除外）、广播106.2及94.2、深圳新闻网滚动播报；地铁1、2、3、环中线各站通过地铁广播、视频等实时发布；深圳市相关网站政务微博发布。由于信息发布广泛及时，方便乘客转乘其他交通工具，有效避免了旅客滞留。 14时24分，深圳启动公交接驳，抽调170台应急公交接驳车在龙华线及1、2、龙岗线与龙华线换乘站间疏散乘客。 20时04分，故障处理完毕，全线恢复通车。 2012年11月1日，8时15分至9时30分，蛇口线多趟列车暂停运行，每次暂停时间为一到两分钟，造成大量乘客被迫换乘数次，并滞留于沿线车站。深圳地铁运营方在1日16时发布微博称，因不明信号干扰，列车启动自动防护功能，自动防护会导致列车无法高速行驶。为避免影响到正常运营的列车，部分列车暂停使用。
2012年11月2日晚，知情人士爆料称，地铁方面已基本查明事故原因，“不明信号”初步判定是乘客手持便携式WiFi发出的信号。“无线运营商推出便携式WIFI路由器后，很多乘客在乘车的时候使用它上3G网络。地铁技术部门排查原因时发现便携式WiFi发出的信号与地铁自身用于传送信息的信号相冲突，它们的频段是相同的。”他详细分析道，“地铁方面多次测试，开启便携式WiFi后，列车收到地面指令就会超时，列车自动防护就打开，产生紧急制动。但是也不能确定，因此地铁集团要求无线运营商协助查明原因。”该知情人士也给出内部材料证明自己的说法。
为何深圳地铁其他线路未受到影响？经查找资料后发现，蛇口线和环中线用的都是CBTC系统，这是基于无线通信的列车自动控制系统。并且，用于这两条线路上的CBTC信号系统都是由卡斯柯公司生产的。
记者就该事件咨询了中国工程院院士王梦恕。他表示：“CBTC的确是目前世界上最先进的信号系统，高铁和动车都用这个，最大的好处是高效、安全，可以两分钟安排一辆车，大大提高了列车密度。”CBTC是否会受到3G等无线信号影响？王梦恕答复：“一般来说不会，在设计时会避免冲突。但现在科技那么发达，如果有新的无线发射设备出来，比如手机热点等，可能会产生新的问题。” 2016年4月15日一大早，正值早高峰，就有不少网友发微博称被滞留在地铁站内。
据多位市民网友报料，今天上午早高峰地铁5号线列车下水径往黄贝岭方向，出现临时停车状况，导致多个地铁站台滞留大量乘客。
9点35分，深圳地铁运营官方微博称，8点21分，5号线往黄贝岭方向因列车故障，导致列车出现不同程度延误，运营总部已启动应急预案，目前故障已经处理完毕。
因此受影响的市民可以前往客服中心办理相关退票及延误证明。
深圳市地铁集团有限公司运营总部官方微博15日在微博发文表示，针对个别媒体及网友发布的黄贝岭站发生踩踏导致一女士骨折的信息，经核实5号线沿线车站及黄贝岭站义工，今早黄贝岭站未发生乘客踩踏事件，也无乘客骨折。
真实情况为一女乘客因未吃早餐导致身体不适，经车站工作人员简单照顾后，该乘客自行离开车站。对于今早五号线列车延误给乘客造成的不便，深圳地铁再次对受到影响的乘客表示歉意。
