事故发生的原因是：通信信号集团公司所属通信信号研究设计院在LKD2—T1型列控中心设备研发中管理混乱，通信信号集团公司作为甬温线通信信号集成总承包商履行职责不力，致使为甬温线温州南站提供的设备存在严重设计缺陷和重大安全隐患。
铁道部在LKD2—T1型列控中心设备招投标、技术审查、上道使用等方面违规操作、把关不严，致使其上道使用。雷击导致列控中心设备和轨道电路发生故障，错误地控制信号显示，使行车处于不安全状态。
上海铁路局相关作业人员安全意识不强，在设备故障发生后，未认真正确地履行职责，故障处置工作不得力，未能起到可能避免事故发生或减轻事故损失的作用。
(1)温州高铁事件扩展阅读
对于相关责任人员是否涉嫌犯罪问题，司法机关正在依法独立开展调查：
会议决定，责成铁道部和铁道部部长盛光祖分别向国务院作出深刻检查。
会议决定，责成国务院国资委对通信信号集团公司、通信信号股份有限公司及下属通信信号研究设计院依法进行整顿，重新组建通信信号研究设计院列控所。
会议要求，铁道部、相关铁路运输企业和设备研发生产企业要深刻吸取事故教训，按照调查组针对事故暴露问题提出的整改意见，结合前一段铁路安全大检查的情况，进一步做好整改工作，切实加强安全质量管理，全面提高铁路特别是高速铁路建设、运营安全管理水平。