一号线： 奥体抄中心站、元通站、明基医院·中胜路站，小行站、时光澔运·安德门站、中华门站、三山街站、张府园站、新街口站、珠江路站、农业银行·鼓楼站、玄武门站、新模范马路站、南京站站，红山动物园站、高力家具港·迈皋桥站。
二号线：油坊桥站、雨润大街站、博览中心•元通站、奥体东站、永隆家居•兴隆大街站、集庆门大街站、云锦路站、莫愁湖站、汉中门站、省中医院•上海路站、德基广场•新街口站、宝庆银楼•大行宫站、军区总院•西安门站、明故宫站、苜蓿园站、下马坊站、孝陵卫站、钟灵街站、马群站。
元通站、新街口站为南京地铁一、二号线换乘站。
一号线南延线共设车站15座（不含安德门站），分别为天隆寺站、软件大道站、花神庙站、高铁南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、1912•百家湖站、台湾广场•小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大•江苏经贸学院站、江苏海院•南京交院站、中国药科大学站