按照规划，工程将分三期进行。
1.现开通金运路站、金沙江西路站、丰庄站、祁连山南路站、真北路站、大渡河路站、金沙江路站、隆德路站、武宁路站、长寿路站、江宁路站、汉中路站、自然博物馆站、南京西路站、淮海中路站、新天地站、马当路站、世博会博物馆站和世博大道站。
2.轨道交通13号线一期工程设北翟路车辆基地1座（与2号线共享），设控制中心1座（与11号线共享）和变电所1座（与11号线共享）.
3.轨道交通13号线一期西段（工程于2012年年底首先开通）。
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