16号线将由北京京港地铁有限公司负责运营。
2010年11月，在第十四届京港洽谈会上，16号线进行了意向性签约。 2014年11月26日，在北京举行的第十八届京港洽谈会上，北京市交通委员会代表北京市政府与北京京港地铁有限公司及其三方股东签署了《北京地铁十六号线项目意向书》。 2015年2月8日，北京市交通委员会代表北京市政府与北京京港地铁有限公司草签了《北京地铁十六号线项目特许协议》（简称《特许协议》）。按照《特许协议》，京港地铁采用PPP模式参与16号线的投资、建设和运营，并获得16号线30年的运营权。
