地铁执行一车一票，车票种类包括单程票、普通深圳通卡、深圳通优惠卡、手机深圳通卡、儿童票、行李票、区段计次票、区段定期票、根据政策所规定的其他票、卡。
（1）一期轨道交通按就低不就高的原则计费。一号线31个涨价区间仍按原价执行
为消除一期线路存在的涨价区间，对一期线路31个涨价区间，将按照“就低不就高”原则处理，涨价区间仍按照原价执行。
（2）二期轨道交通按照里程计算
起步价：首4公里2元；
里程价：4公里至12公里部分，每1元可乘坐4公里；12公里至24公里部分，每1元可乘坐6公里；超过24公里，每1元可乘坐8公里。
乘坐地铁刷深圳通卡，享受9.5折优惠。
◆【新方案优惠措施】：
●新方案实施后，对于地铁一期线路区段票价发生变化的，实行“就低不就高”政策。
●学生使用储值票乘坐地铁，一律实行票价5折优惠。
●持有效证件的离休干部、盲人及持《中华人民共和国残疾军人证》的残疾军人乘坐地铁，一律免费。
●凡年满65周岁以上的老年人，不限户籍、国籍，均可凭《身份证》、《港澳居民回乡证》、《港澳同胞来往内地通行证》、《台湾居民来往大陆通行证》、《护照》或老龄委核发的《敬老优待证》、《深圳市敬老优待卡》、《深圳市敬老优待证》、《深圳市暂住老人免费乘车证》免费乘坐地铁。
●一名成年乘客可以免费带一名身高1.2米以下的儿童乘车。
●使用“深圳通”乘坐地铁享受地铁票价9.5折优惠(学生票除外)。
●使用深圳通的乘客，在刷卡90分钟内，在不同的公交线路间，地铁与公交线路间相互换乘，在刷卡优惠的基础上，给予0.4元/人次的换乘优惠